蛋白分析FAQ彙總

• • 看蛋白修飾算CO-IP嗎？需要用triton100嗎？

  CO-IP (Co-immunoprecipitation)是一種常用的蛋白質相互作用研究技術，透過特異性抗體識別目標蛋白並將其與相互作用蛋白共同沉澱下來，從而研究它們之間的相互作用關係。CO-IP並不是一種特定的蛋白修飾分析方法，而是一種用於分析蛋白質相互作用的實驗方法。如果您想要分析特定

• • PLS-DA/OPLS-DA二維圖：請問這個是做什麼用的?

  PLS-DA和OPLS-DA都是用於多後設資料分析的方法，常用於生物醫學領域中的代謝組學、蛋白質組學等高通量資料分析中。PLS-DA和OPLS-DA可以將高維資料降維至二維或三維，從而視覺化展示樣本間的差異。其中PLS-DA是基於偏最小二乘迴歸的方法，主要用於分析連續型響應變數與多個預測變數

• • 差異表達蛋白質統計分析：怎麼知道最顯著的是哪個的?

  在差異表達蛋白質統計分析中，通常會使用一些統計方法來對不同樣品之間的蛋白質表達水平進行比較，並確定顯著差異的蛋白質。其中，常用的統計方法包括t檢驗、方差分析（ANOVA）、Wilcoxon等。這些方法都可以計算出每個蛋白質的顯著性水平（P值），P值越小，表示差異越顯著。一般來說，我們會把 P

• • PLS-DA/OPLS-DA二維圖：它這個做完怎麼看RMSECV值呢？

  在做完 PLS-DA/OPLS-DA 的二維圖後，可以使用相關的軟體對模型進行評估，例如 SIMCA、MetaboAnalyst 等等。在 SIMCA 軟體中，可以在左側的 Results 面板中找到 RMSECV 值，該值表示模型在交叉驗證過程中的平均誤差。通常，RMSECV 值越小，模型

• • 蛋白質圓二色譜分析：如果在測試過程中吸收強度大於2的話測試結果有用嗎？

  在蛋白質圓二色譜分析中，吸收強度大於2通常是指峰值的CD吸收值大於2，這通常被認為是強訊號。因此，通常認為，如果蛋白質在給定波長處的CD吸收強度大於2，則該波長處存在可檢測到的CD訊號。然而，強訊號也可能伴隨著一些問題和限制。一方面，強訊號可能會對譜圖中一些峰的解析度產生影響。在這種情況下，

• • 蛋白測序：請問如何找目的蛋白的肽段序列？

  要找到目的蛋白的肽段序列，需要透過對質譜資料進行分析，使用專門的蛋白質鑑定軟體，例如Mascot、SEQUEST和ProteinPilot等，來將質譜資料與已知蛋白質資料庫進行比對，並確認肽段的序列和標識出目的蛋白。然後透過實驗驗證和進一步的分析來確認找到的肽段是否真的是目的蛋白的一部分。這

• • MRM/PRM定量蛋白組學分析：可以問問PRM-MS的圖怎麼看嗎？

  在MRM/PRM定量蛋白組學分析中，PRM-MS圖通常是用於定量目標蛋白的。下面是PRM-MS圖的一些常見特徵和解讀：1.離子流圖（Total Ion Current, TIC）：離子流圖顯示整個質譜掃描期間所有碎片離子的訊號強度總和。TIC可以提供總離子訊號的相對強度，通常用於檢查樣品是否

• • GST pulldown蛋白相互作用分析：一定要兩個蛋白嗎？不可以一個蛋白一個化學藥物小分子嗎？

  GST pulldown技術是一種常用的蛋白質相互作用分析方法，通常使用GST標記的親和標靶蛋白與目標蛋白進行相互作用，然後使用GST親和純化的方法將蛋白複合物從混合物中富集出來，再透過蛋白質電泳和Western blot等技術進行檢測。雖然GST pulldown技術通常用於分析兩個蛋白之

• • 平行反應監測PRM：請教一下，這項技術就是用來給蛋白定量的？還有其他功能嗎？

  平行反應監測（parallel reaction monitoring，PRM）技術主要用於蛋白質組學研究中的蛋白定量分析。PRM技術是一種液相質譜技術，它利用高解析度質譜儀和精密的質譜分析方法，可以在高通量的樣品中定量分析蛋白質的存在量。除了蛋白質的定量分析，PRM技術還具有以下功能和應用