蛋白分析FAQ彙總
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• 電泳跑膠顯示了兩條帶,而蛋白質譜表明這兩條帶的肽段相同,如何確定具體發生了哪種翻譯後修飾?
根據描述,電泳跑膠顯示了兩條帶,而蛋白質譜表明這兩條帶的肽段相同。這很可能意味著這兩條蛋白質帶之間存在某種翻譯後修飾(PTM,Post-Translational Modification)。要確定具體發生了哪種翻譯後修飾,需要進一步分析蛋白質譜資料。以下是一些建議的步驟:1. 檢查質譜圖:
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在質譜結果中出現大量角蛋白(Keratins)可能是因為實驗過程中發生了樣品汙染。角蛋白是一類豐富的結構蛋白,廣泛存在於人體和動物體內的表皮、毛髮、指甲等組織。由於角蛋白的丰度高和穩定性強,它們很容易在實驗過程中汙染樣品,導致質譜結果中出現大量角蛋白。
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• 質譜結果中沒有檢測到預期的過表達蛋白,可能和哪些因素有關?
如果質譜結果中沒有檢測到預期的過表達蛋白,可能與多種因素有關,包括樣品處理、質譜分析和數據處理等方面的原因: 1.樣品處理:蛋白質提取不充分:如果蛋白質提取方法不合適,可能導致目標蛋白質的損失或提取不足。
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MaxQuant是一款廣泛使用的蛋白質質譜資料分析軟體,它可以處理自下而上策略(bottom-up)的蛋白質質譜資料,實現蛋白質鑑定和定量。以下是使用MaxQuant解析蛋白質質譜資料的基本步驟:
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蛋白質質譜是一種研究蛋白質組成、結構和功能的關鍵技術。它利用質譜儀(mass spectrometer)對蛋白質或肽段進行檢測和分析,以確定蛋白質的序列、翻譯後修飾(post-translational modifications,PTMs)、亞單位組成以及與其他分子的相互作用。蛋白質質譜在
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• 蛋白質譜Top-down 和 bottom-up的分析方法本質上有什麼不同?
質譜技術是蛋白質組學(proteomics)研究中的關鍵技術。在蛋白質質譜領域,主要有兩種分析策略:Top-down(自上而下)和Bottom-up(自下而上)。這兩種方法在處理和分析蛋白質樣品時有本質上的不同。
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MHC(主要組織相容性複合物)分子是一類在免疫系統中起關鍵作用的分子,能夠呈遞抗原肽片段,使得T細胞可以識別和清除感染或異物。要獲取並分析這些呈遞短肽的具體氨基酸序列,可以採用以下步驟:
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透過比較腫瘤和正常組織的HLA結合肽(人類白細胞抗原結合肽),可以一定程度上確定候選新抗原。然而,這種方法並非絕對可靠,因為僅依賴HLA結合肽差異可能會漏掉一些潛在的抗原。建議透過以下方法來進一步確定候選新抗原:
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• 這個磷酸化分析,可以分析到什麼程度呢,哪些蛋白磷酸化發生了變化嗎?
乙醯化定量蛋白組研究主要關注乙醯化修飾,而磷酸化分析則關注磷酸化修飾。磷酸化分析可以透過不同的實驗方法和技術來實現,包括質譜、免疫印跡等。磷酸化分析的深度和準確度取決於實驗方法和技術的優劣。質譜技術,尤其是液相色譜串聯質譜(LC-MS/MS),在磷酸化定量蛋白質組學研究中具有很高的準確性和敏
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蛋白質的Western Blot(WB)表達和qPCR(quantitative polymerase chain reaction,定量聚合酶鏈反應)技術實際上分析的是不同層面的生物資訊。Western Blot主要用於檢測蛋白質的表達水平,而qPCR用於檢測基因的mRNA表達水平。儘管它
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