C端序列分析
蛋白由若干氨基酸脫水縮合排列構成，含有一個遊離的氨基（N端）和一個遊離的羧基（C端）。C端與N端一樣，在蛋白質分子結構分析中具有重要的地位，是蛋白質完整一級結構的必須資訊，對C端序列進行測定具有重要的意義。
北京百泰派克生物科技有限公司基於CNAS/ISO9001雙重質量認證體系，根據肽圖分析（質譜法）原理，建立了針對於不同類別生物製品的蛋白C端序列分析服務，可實現對蛋白、抗體、疫苗、多肽、重組膠原蛋白等生物製品C端序列的測定。
技術原理
目前尚未開發出類似於Edman降解的C端序列測定技術，因此蛋白C端序列的確證服務仍然是以質譜平臺為基礎。根據靶蛋白理論序列資訊選擇互補性好的兩種蛋白酶酶切蛋白，產生兩個長度不同但是適宜離子化的C端肽段，經質譜檢測，相互驗證，最終確定蛋白C端序列。
附常見蛋白酶酶切條件及位點：
實驗儀器
• 納升級高效液相色譜儀：Easy-nLC 1200；
• 組合型四極杆-Orbitrap質譜儀：Q Exactive™ Hybrid Quadrupole-Orbitrap™ Mass Spectrometer。
案例示意
樣品蛋白經過適合的蛋白酶酶切之後變成長度大多在6-28aa的肽段，進入質譜分析後產生的總離子流譜圖如下：
樣品總離子流譜圖（TIC）
（橫座標為時間（min），縱座標為相對訊號強度）
透過一級質譜圖可以得到完整肽段的分子量，mass=(m/z-1)*z
C端肽段一級質譜圖
（橫座標為檢測到的m/z值，縱座標為相對訊號強度）
二級質譜圖得到的是肽段的碎片離子m/z值，完整肽段在質譜中從肽鍵位置被打碎為碎片離子，靠近肽段的N端的為b離子，靠近C端的為y離子（例如二級圖中的肽段KTSTSPLVKSF, 二級碎裂之後，碎片離子K和TSTSPLVKSF分別為b1和y10離子，碎片離子KT和STSPLVKSF分別為b2和y9離子）。理論的碎片離子m/z與實際二級圖中的檢測值匹配到的越多，可信度越高。透過肽段二級碎裂片段資訊確定C端肽段序列
肽段二級質譜圖
（橫座標為檢測到的m/z值，縱座標為相對訊號強度）
實際專案中會至少使用兩種互補的蛋白酶對靶蛋白進行酶切，可以得到兩條長度不同的C端肽段，透過對於兩條C端肽段序列的相互驗證，最終確定蛋白的C端序列資訊。
常見典型問題
問題1：蛋白經過酶切後會在固定的位點斷開，如何確定C端的肽段就是蛋白C端呢？
回答：資料分析的時候會挑選N端為酶切位點而C端不是酶切位點的肽段，保證肽段是酶切形成的而不是隨機的雜質肽段，同時保證肽段末端與對比末端是統一的。
問題2：如果分析結果只有C末端為酶切位點的肽段，如何進步確認C端具體位置？
回答：這種結果通常是兩種情況造成的。第一種情況是蛋白的C端正好是酶切位點，我們可以透過不同酶切同時分析排除這種情況。第二種是蛋白C端離該酶切位點很近或很遠，酶切之後剩餘片段太短或太長，碎裂情況太差，無法被分析軟體識別到，我們可以建立一個梯度資料庫，每個序列比上一下序列多一個氨基酸，利用梯度資料庫重新比對分析。
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