蛋白分析FAQ彙總

在上樣到1D凝膠之前，存在不同的方法來增加蛋白質濃度，包括透析、微濾、沉澱和色譜。您可以使用TCA沉澱，但TCA是一種強大的酸，可能導致某些蛋白質的水解和碎裂。通常經常使用冰凍的乙醇/丙酮進行沉澱，它在增加蛋白質濃度的同時可去除大多數鹽和緩衝液成分。具體做法是將樣品與冷凍的乙醇以100 ul

首先，重要的是要知道2D PAGE的蛋白質樣品不應含有高鹽濃度，SDS等離子洗滌劑或細胞裂解產生的細胞碎片和DNA。這些會干擾等電聚焦（IEF）並導致凝膠中出現斑點條紋。確保蛋白質濃度約為1-20ug /ul。對於含有許多蛋白質的複雜樣品，每個凝膠上的蛋白質上樣量應約為50-300微克，純蛋

凝膠樣品—短1D PAGE：將蛋白質樣品載入到1D PAGE凝膠上，僅電泳1釐米（200 V時5-8分鐘）。用考馬斯染色後，將整個染色區域切除為一個樣品（2x5mm凝膠片）並將其送去分析。長1D PAGE：將蛋白質樣品載入到 1D PAGE 凝膠上，然後照常電泳。用考馬斯染色後，將整個染色區

樣品量：提供>100ul液體材料，最低濃度為0.1ug/ul。固體材料應提供足夠的量，以便準確稱量樣品。樣品純度：我們可以分析大多數含有蛋白質和肽的樣品。避免高蔗糖、尿素（>2M）或鹽濃度。不要使用含有甘油和大量伯胺（例如 TRIS 或甘氨酸）的緩衝液，因為它可能會干擾茚三酮反應，從而提供特

透過質譜測定蛋白質需要足夠量的蛋白質以獲得良好的資料。開發 MRM 定量測定需要純形式的蛋白質和沒有蛋白質的基質樣品，該蛋白質與要分析的實際樣品的基質相似。因此，請在乾淨的實驗室中準備樣品，以避免被人角蛋白汙染。您可以寄送液體或凍幹形式的蛋白質樣品。1.純化蛋白質/肽：色譜蛋白質/肽純度應

蛋白質樣品可以以液體形式或凍幹形式寄送。最小量約為20-50微克。避免使用洗滌劑，並將緩衝液濃度保持在最低水平。HPLC可能適用於含有少量鹽或尿素的樣品。然而，在沒有洗滌劑的揮發性溶劑中，緩衝強度低的情況下可以獲得最佳結果。1.將樣品放入微量離心管中(使用Eppendorf 管或實驗室中的類

透過質譜分析蛋白質需要足夠量的純蛋白質才能獲得良好的資料。樣品必須在乾淨的實驗室中製備，以避免被人角蛋白汙染。蛋白質樣品可以以液體或凍幹形式寄送。1.純化蛋白質/肽：色譜蛋白質/肽純度應為>90%；避免使用洗滌劑，並將緩衝液濃度保持在最低水平。LC-ESI MS適用於含有少量鹽和尿素的樣品，

1.凍幹或溶液樣品均可：2.最小樣品量：5-50微克。避免使用洗滌劑、DMSO、甘油和其他非揮發性溶劑。將緩衝液濃度保持在最低水平，因為高鹽量會干擾MS中的電離，對於含有少量鹽或尿素的樣品，有時也可以使用LC-ESI MS。然而，在沒有洗滌劑的揮發性溶劑中，緩衝強度低，可獲得最佳結果。相關服

離子庫是由資料依賴採集（DDA）生成的，也可以稱為資訊依賴採集（IDA）。這種採集模式是用來做shotgun蛋白質組學的，但和MRM模式不一樣。MRM 模式用於分子或肽的靶向定量，在離子庫的生成中沒有用處。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務

通常情況下，或在IDA模式下，資料是在調查掃描後獲得的。調查掃描確定了40個最強的離子，並且只對這些離子進行破碎。這意味著在固定的時間點，唯一被碎片化的離子是選定的最強烈的離子。在SWATH的1個週期內，所有視窗都是按順序獲取的。例如：假設我們想要覆蓋從 350-1250 m/z 的一系列離

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