蛋白分析FAQ彙總
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在質譜中，解析度被定義為分離m/e比不同的離子束的能力。它通常計算為m/Δm，其中m是質譜中特定峰的標稱質量（實際上是m/e），Δm是峰高的10%或50%處的峰寬。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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兩種最常見的高解析度質譜儀是飛行時間（TOF）質譜儀（R~1000-10000）和基於傅立葉變換（FT）的質譜儀（R~100000-1000000）。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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質譜的一種常見形式是飛行時間（TOF）質譜。在這種技術中，物質的粒子被電離形成1+離子，這些離子被加速，因此它們都具有相同的動能。然後使用行進固定距離所花的時間來計算樣品中每個離子的質量。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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所有質譜儀都在非常低的壓力（高真空）下工作。這減少了離子與質量分析儀中其他分子碰撞的機會。任何碰撞都可能導致離子發生反應、中和、散射或碎裂。所有這些過程都會干擾質譜。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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儘管質譜法是用於識別分子的最靈敏的方法之一，但它不適用於區分結構異構體，結構異構體是具有相同質量的化學性質不同的實體。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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質譜法提供了有關分子化合物結構，包括其同位素的有價值的資訊。因為質譜法確定碎片的重量，所以天然具有重同位素的原子就變得很重要。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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單位質量：在單位質量或標準質量中，質量通常精確到Da的十分之幾以內，標記為低解析度的質譜儀通常提供單位質量。精確質量：在精確或準確的質量測量中，使用內部或外部校準的高解析度質譜儀將質量精確地確定到小數點後四位，從而為化合物的鑑定提供更高的確定性。爲了得到精確質量，必須首先透過單位質量分析來驗
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在Pull-down實驗中使用NP-40等聚合物物質長期以來一直是與LC-MS分析相結合的一個大問題。聚合物電離非常好，會干擾色譜分離和肽的電離。我們建議避免在實驗中使用NP-40。相關服務:GST pull-down蛋白相互作用分析
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• 在MaxQuant檔案中列出的蛋白質特定亞型是唯一被鑑定的亞型嗎？
一般報告裡給出的是每個蛋白質組的第一個蛋白質。如果要確認其是否是唯一被鑑定的亞型，必須檢查MQ_RAW選項卡或MaxQuant“蛋白質組.txt”輸出檔案，您將看到為一個蛋白質組列出的所有蛋白質。如果一個組列出了多種蛋白質，這意味著所有這些蛋白質都可能存在於樣品中，但是無法檢測到蛋白質特異性
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將肽凍幹或快速抽吸至固體形態，以提高裝運期間肽的穩定性。或者，冷凍樣品或將其冷藏至4℃，以便冷運液體樣品。最小樣品量：5-50微克。避免使用洗滌劑、DMSO、甘油和其他非揮發性溶劑。將緩衝液濃度保持在最低水平，因為高鹽量會干擾MS中的電離。LC-ESI MS有時可以用於含有少量鹽或尿素的樣品
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