蛋白分析FAQ彙總

• • 為什麼MS中使用穩定同位素標記而不是放射性同位素標記？

  放射性同位素是那些透過α、β、γ、電子俘獲、正電子發射等衰變的同位素。除了純γ發射體外，其他所有發射體都會在這一轉變過程中改變化學特性和質量。相關服務:定量蛋白組分析

• • 如果想寄送凝膠樣品，應該使用什麼型別的凝膠？

  許多型別的凝膠都與質譜分析相容，例如傳統的聚丙烯醯胺凝膠和許多商業預製凝膠，包括 Thermo NuPAGE Bis-Tris 和 Tris-Acetate 凝膠。對於蛋白質鑑定，我們沒有觀察到由不同凝膠引起任何顯著影響。然而，根據我們的經驗，我們建議不要使用 Tricine 凝膠進行蛋白質

• • 如何從凝膠中切出蛋白條帶？

  當你從凝膠上切蛋白質條帶時應該小心。第一，避免凝膠直接接觸裸手或任何潛在的髒表面。第二，全程戴乾淨的手套，將凝膠放在超淨塑膠盒上。第三，用合適大小的超淨刀片切出感​​興趣的蛋白質條帶。如果您需要切出多個條帶，請避免對不同的凝膠條帶標記錯誤。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 什麼是質譜？

  質譜（Mass Spectrometry，簡稱 MS）測量樣品中一種或多種分子的質荷比。各種質譜分析技術可用於確定分子的確切分子質量，提供有關化合物的組成和結構資訊，並可用於簡單或複雜混合物中的化合物的定量。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 什麼是 MRM？

  多反應監測 （MRM，也稱為選擇性反應監測 （SRM）） 是一種特異和靈敏的質譜技術，可準確定量目標蛋白質。利用有同位素標記的內標，該技術可以在單一液相色譜串聯質譜 （LC-MS/MS） 實驗中對複雜系統中的大量蛋白質進行有針對性的絕對定量。相關服務:MRM/PRM定量蛋白組學分析

• • “自下而上”和“自上而下”蛋白質組學有什麼區別？

  質譜分析蛋白質，例如在 HDX 實驗中，可以使用兩種不同的方法進行：“自下而上”和“自上而下”蛋白質組學。在自下而上的實驗中，蛋白質被特定蛋白酶（例如胰蛋白酶）消化成肽段，肽段透過液相色譜分離，然後在質譜儀上分析。然後將收集到的所有肽段的資訊與已知的氨基酸序列進行比對，從而提供目標蛋白質的高

• •  到目前為止，還沒有為質譜工作跑 SDS-PAGE。跑凝膠時應該採取哪些預防措施以獲得最佳結果？

  我們的建議有以下幾個方面； a) 清潔整個凝膠執行裝置，在所有步驟中使用新手套，並在整個過程中保持表面清潔！！！ b) 使用新鮮製備的緩衝液，染色劑不要重複使用。 c) 將樣品加到凝膠上時，樣品要與任何其他對照（如全細胞裂解物等，如果有的話）隔離，以避免交叉汙染。最好在單獨的凝膠中跑樣品，與

• • 提供物種資訊有多重要？

  物種資訊是自下而上蛋白質組學工作流程的核心，用於識別目標蛋白質。因此，如果您知道物種/屬/有機體，請在服務申請表上提供資訊。如果您知道但由於保密問題而無法共享此資訊，我們將在 Swissprot 資料庫中對您的結果進行一般搜尋，併爲您提供蛋白質列表。如果您知道您的蛋白質來自未註釋的生物體，請

• • 可以寄銀染凝膠嗎？

  我們更喜歡考馬斯染色凝膠，但接受用質譜相容的銀染料染色的凝膠。透過我們之前的經驗，銀染凝膠通常不會比考馬斯染色凝膠獲得更好的結果。這可能歸因於由於過程中使用的顯影劑（例如甲醛和戊二醛等）引起的蛋白質內和蛋白質與凝膠的交聯。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 我對蛋白質的翻譯後修飾很感興趣。我可以透過質譜獲得我的蛋白質的完整序列覆蓋嗎？

  大多數蛋白質很難完全覆蓋。這取決於良好消化蛋白質的能力，可能受到蛋白質摺疊、蛋白酶切位點和樣品複雜性的影響。丰度、純度、蛋白質序列、疏水性和抑制消化的蛋白質修飾（如糖基化）等都會影響覆蓋率。使用不同的酶和使用多種策略分析蛋白質將增加覆蓋率。相關服務:翻譯後修飾蛋白組分析