“自下而上”和“自上而下”蛋白質組學有什麼區別？

質譜分析蛋白質，例如在 HDX 實驗中，可以使用兩種不同的方法進行：“自下而上”和“自上而下”蛋白質組學。在自下而上的實驗中，蛋白質被特定蛋白酶（例如胰蛋白酶）消化成肽段，肽段透過液相色譜分離，然後在質譜儀上分析。然後將收集到的所有肽段的資訊與已知的氨基酸序列進行比對，從而提供目標蛋白質的高解析度（通常是氨基酸解析度）表徵。自上而下的蛋白質組學不需要事先對靶蛋白進行蛋白水解裂解；而是，蛋白質在質譜儀中被碎片化。儘管可以測量的蛋白質的大小有限制，但自上而下的蛋白質組學具有能夠識別單個蛋白質上獨特的蛋白質形式和翻譯後修飾 (PTMs) 的好處。本公司成員還完善了一種混合方法，稱為“中下”蛋白質組學，該方法使用有限的蛋白水解與自上而下的蛋白質組學相結合，來表徵對於傳統的“自上而下”蛋白質組學而言通常太大的蛋白質或蛋白質複合物.




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