蛋白分析FAQ彙總
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• 質譜分析前是僅使用胰蛋白酶來消化蛋白質,還是可以使用其他蛋白水解酶?
如果要將樣品“溶液中消化”,可以使用測序級蛋白水解酶的任何一種或組合。對於“凝膠內消化”,可使用的蛋白水解酶變得稍微有限。需要注意的是,許多高分子量酶對凝膠內消化的效率不如胰蛋白酶和糜蛋白酶。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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最簡單最便宜的方法是使用沉澱技術,如TCA和丙酮沉澱。這些方法的缺點是,一旦沉澱,一些蛋白質很難重懸於選擇的緩衝液中。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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• 將蛋白質複合物放在鹽濃度非常高的緩衝液中,再加上5%的甘油。該緩衝液是否與質譜相容?
鹽和甘油與質譜不相容。如果樣品含有鹽或甘油,我可以使用C18離心柱對樣品進行脫鹽。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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可以,但乙酸和甲醇的存在可以改變蛋白質的性質。我們建議使用市售的考馬斯藍色染色劑,因為它們不含溶劑,比傳統染色更敏感。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定
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我們使用Mascot進行蛋白質鑑定。蛋白質推斷、分組和FDR(錯誤發現率)估計在蛋白質組發現器和支架中執行。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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我們的預設資料庫是UniProt。通常對於註釋不良的蛋白質組,我們搜尋Uniprot的部分,即SwissProt和Trembl。在兩次搜尋之後,將具有由至少一種唯一肽支援的每個ID的非冗餘蛋白質列表提交給使用者。這兩個資料庫每月更新一次。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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FDR已成為結果報告中強制性的內容。FDR本質上是一種統計和計算方法,用於確定給定資料集中蛋白質識別的確定性。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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1、有效的資料分析;2、適當選擇樣品和質控品;3、穩健的樣品製備方法。成功進行實驗非常重要的一點是,必須選擇正確的樣品來回答所提出的問題,以強有力的方式製備和分析這些樣品,以便收集與生物學問題相關的資料(並且與實驗誤差或變異無關),並能夠正確分析這些資料。如果你不能分析資料,那麼設計和執行一
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可以檢測完整蛋白質修飾的變化。凝膠電泳(DiGE)與無凝膠方法的區別在於,定量是在整個蛋白質上進行的,因此蛋白質翻譯後修飾的變化(前提是它以足夠的量改變蛋白質的質量或pI)可以被視為點位置的“移動”。在基於凝膠的方法中,由於蛋白質被消化成肽,修飾的變化只能透過對修飾肽的偶然鑑定或透過富集攜帶
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• 透過無凝膠LC-MS/MS方法增加總蛋白質組滲透的好方法是?
使用兩種正交色譜法。在不需要更多樣品的情況下,增加覆蓋率的一個好方法是使用多種色譜模式,其中肽由兩種不同性質分離。這有效地將肽“擴散”到更大的區域,因此可以看到更多。對特定肽型別的富集可能會減少樣品中的總肽,但只能看到選定的蛋白質。與蛋白質消化物的分析相比,全蛋白質的分析目前缺乏靈敏度,並且
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