蛋白分析FAQ彙總

• • 如果定量蛋白質組學實驗包含大量樣本，那麼選擇哪一種方法比較好？

  Label free無標記定量最合適。SILAC和iTRAQ的樣本數量而言，有限的性質以及它們定量的比率性質意味著這些方法需要將所有樣本與內部參考進行比較，從而在實驗中引入額外的測量誤差。對於iTRAQ，由於定量發生在MS/MS光譜中，因此，所有樣品中唯一可定量的蛋白質將是所有分析中鑑定的蛋

• • 等壓標籤是什麼意思？

  等壓標籤就是指相同壓力或質量的分子。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 臨床樣品中的蛋白質可以用哪種穩定同位素標記法？

  SILAC和18O水都是肽的穩定同位素標記物，但對於臨床樣品，只能使用18O水。SILAC標記要求樣品加入含有重同位素的氨基酸的營養物，因此這主要用於標記活細胞。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 如果需要一個複雜的樣品製備工作流程來從培養細胞中富集特定的蛋白質群體，那麼合適的定量方法是什麼？

  SILAC標記定量。雖然可以使用眾多定量方法中的每一種，但在本例中，該方法是在培養的細胞上進行的，則SILAC將是選擇的方法。在DiGE和無標籤定量方法中，樣品需要並行處理，由於複雜製備流程中的每個步驟都會引入一些技術變化，因此需要仔細評估並將其最小化，以使整個實驗成功。此外，如果實驗的目的

• • SRM技術主要用於分析什麼？

  比較特定蛋白質的水平。選擇性反應監測是一種非常靈敏的質譜檢測和定量特定肽的方法，這意味著僅分析已知肽，即它是一種靶向方法。在這種情況下，它不適用於數百種蛋白質的比較，也不適用於發現“未知”蛋白或多肽，如凝膠帶中的蛋白質（除非實驗問題集中，即我的凝膠帶是否包含蛋白質X？）或確定未知性質的翻譯後

• • 什麼是“蛋白型”肽？

  一種特定蛋白質所特有的肽。“蛋白質型”肽是特定蛋白質的典型肽，是特定蛋白質所特有的肽。這樣的肽可以在選定的反應監測實驗中用作替代物，以推斷母體蛋白的水平。相關服務:多肽組學

• • 當從MS實驗中定量蛋白質時，如何計算出變化可能是由生物學引起的，而不是實驗或技術變化？

  正確的方法是透過分析同一樣品的（生物）重複來評估技術和/或實驗變化水平。這可以確定變化可能引起的變化幅度，因此，實驗樣本之間的所有較大變化可能是由於樣本之間的真實差異。相關服務:定量蛋白組分析

• • 什麼是內部標準？它有什麼作用？

  內部標準是有意新增到所有樣品、標準和空白中的物質。理想的內標物完全由測量儀器從未知分析物中分離出來，但在化學上與分析物“相同”。相同意味著其在樣品製備過程中經歷相同的損失，相同的基質效應，並以與分析物相同的方式響應儀器靈敏度的變化。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 樣品製備過程中的損失是否有內部標準？

  理想情況下，內標物在樣品製備過程中可能透過意外稀釋、化學降解、蒸發、移液損失、表面吸附等與樣品以相同的速率損失。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 為什麼說同位素稀釋是完美內標？

  質譜在區分不同質量的相同化學物質（同位素）的能力上是獨一無二的。大多數同位素具有難以區分的化學和物理性質。例如，CH337Cl和CH335Cl具有難以區分的沸點、電子光譜、介電常數、反應性、溶解度等，但即使廉價的質譜儀也能完全區分。相關服務:蛋白質質譜鑑定