蛋白分析FAQ彙總
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• 熱病毒滅活處理是否會導致血漿中細胞因子的分解從而影響質譜分析?
可能存在不同程度的蛋白質活性損失,包括細胞因子。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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• 透過LC-MS/MS對蛋白質下拉樣品進行蛋白質組學分析是否需要生物學重複?
對於任何統計數據,都至少需要3個生物5次重複是最好的,以防1-2個不可用。鑑於MS技術已經升級,技術重複不是必需的。但是“pull-down”可以捕獲非特異性蛋白,擁有的重複(生物)越多,真陽性和訊號就越強,實驗結果也就越準確。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定
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可以,凍幹除了能富集還有穩定性優勢。相關服務:蛋白質組學分析
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不需要去除細胞懸浮液中的死細胞。因為分析結果應顯示細胞培養的真實情況。而細胞培養物總是含有死細胞。相關服務:蛋白質組學分析
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• 為什麼我們應該從SDS-聚丙烯醯胺凝膠中製備蛋白質樣品用於質譜分析?
這是一種在大規模生產之前降低樣本複雜度的方法。通常比單獨的Shotgun方法提供更大的覆蓋深度和更多的ID。可以將其視為類似於離子交換分餾,即對每個餾分單獨執行MS/MS,然後在最後合併資料以獲得該樣本的總體光譜資訊。在這種情況下,你不是透過電荷來分離蛋白質或肽,而是透過相對質量來分離它們相
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• 為什麼iTRAQ定量同一肽的重複之間有很大的偏差(峰丰度)?
等壓標記因共洗脫而遭受很大影響。沒有良好的分餾很可能是變異性的重要來源。但是,可能還有其他問題-標記效率或執行之間的差異(如果您的樣品多於標記)、色譜柱問題、樣品製備問題和蛋白質定量等。相關服務:TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白組學分析
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• 為什麼iTRAQ分析一些肽存在於一組重複中,而在另一組重複中不存在?
無論重複的型別如何,質譜儀都很難選擇所有相同的肽前體離子,因為它們提供的樣品很複雜。因此,並不總是會為MS/MS選擇所有相同的肽,因此不會在所有執行/重複中鑑定。相關服務:TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白組學分析
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• LC分離得到的蛋白質SDS凝膠電泳得到一條帶,但進行LC-MS鑑定卻檢出兩種MW的蛋白質?
可能蛋白質製備確實不是“純”的,因為樣品中似乎(至少)有兩種變體。SDS技術沒有足夠的解析度來分離分子量相近的蛋白質。事實上,一些翻譯後修飾(PTM)可以由質譜測定出不同分子質量:除了二硫鍵引起的質量差異之外,N-末端谷氨醯胺殘基可以轉化為pyroGlu,或者可能發生天冬醯胺脫醯胺和蛋氨酸氧
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可以選擇Shotgun蛋白質組學來估計蛋白質的相對丰度。相關服務:Shotgun鳥槍法蛋白質鑑定
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GC-MS對蛋白質分析幾乎沒有或根本沒有效用,因為蛋白質不易揮發。LC-MS是有用的,但其特異性低於通常需要的特異性。CE-MS通常比LC-MS具有更大的特異性,但CE-MS歷來比LC-MS使用起來更麻煩。最好的選擇是LC-MS/ MS相關服務:氨基酸組成分析
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