LC分離得到的蛋白質SDS凝膠電泳得到一條帶，但進行LC-MS鑑定卻檢出兩種MW的蛋白質？

可能蛋白質製備確實不是“純”的，因為樣品中似乎（至少）有兩種變體。SDS技術沒有足夠的解析度來分離分子量相近的蛋白質。事實上，一些翻譯後修飾（PTM）可以由質譜測定出不同分子質量：除了二硫鍵引起的質量差異之外，N-末端谷氨醯胺殘基可以轉化為pyroGlu，或者可能發生天冬醯胺脫醯胺和蛋氨酸氧化等修飾。如果想進一步瞭解原因，建議進行蛋白水解肽圖LC-MS/MS實驗以確認氨基酸序列（並確保沒有形成序列變體）並對映任何已發生的PTM，因為這些PTM僅在執行完整LC-MS時顯示為累積的質量差。

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