蛋白分析FAQ彙總

1、用50%ACN覆蓋凝膠，用於洗滌考馬斯藍，然後攪拌5分鐘；2、去除上清液；3、覆蓋 100% ACN，然後攪拌 10 分鐘； 4、去除上清液；5、在56℃的烘箱中乾燥幾分鐘，以除去ACN。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

如果你在資料庫搜尋中找到了你的蛋白質，你可以檢查的是MS資料的序列覆蓋率，看看是否只有發生切割的地方的覆蓋率。如果您的切割蛋白可以在切割位點產生特定的肽，可能您可以使用SRM，前提是可以檢測到這種小肽（如果在資料庫搜尋中檢測到，則更好）。相關服務:蛋白質質譜鑑定

基本所有的質譜技術都可以分析FFPE樣品，只是需要蛋白提取和純化步驟。相關服務:石蠟包埋樣品蛋白質組學

既然是相同的蛋白質為什麼要進行分離呢，蛋白質樣品量更多更有利於質譜鑑定。如果一定要分開，那麼可以單獨對一個樣品進行DIGE電泳。相關服務:二維凝膠電泳服務

如果以較高的濃度使用胰蛋白酶，它會傾向於在任何位點切割多肽（對於任何其他蛋白酶都是一樣的）。因此，胰蛋白酶消化分析變得更加困難。相關服務:蛋白質質譜鑑定

四分之三的膜過濾器（0.2或0.45μm，用於過濾HPLC樣品）在LCMS中會產生PEG和脂肪酸醯胺。相關服務:蛋白質質譜鑑定

免疫沉澱的一個固有缺點是產生適用於單一已知蛋白質的抗體很難。爲了克服這一缺點，研究小組經常設計專注於目標蛋白 C 端或 N 端的標籤。標籤位於主要肽序列中，該肽序列結合在蛋白質中的。標籤的例子包括綠色熒光蛋白、谷胱甘肽 S 轉移酶和 Flag 標籤。標籤用於附著蛋白質的各種用途。谷胱甘肽-

MS-IP 或質譜與共免疫沉澱相結合是識別在 Co-IP 中分離的相互作用夥伴的直接方法。該實驗透過質譜分析來自 Co-IP 的洗脫樣品，並使用生物資訊學軟體分析生成的 MS 資料以鑑定蛋白質。除了鑑定之外，IP-MS 還有助於在對照樣品和處理樣品之間對靶蛋白以及脫靶蛋白產生倍數富集。爲了成

免疫共沉澱用於免疫沉澱天然狀態的蛋白質，保持複合物狀態的蛋白質代表其天然狀態。然而，Co-IP 不能排除複合物中存在的蛋白質是直接相互作用還是透過第三種蛋白質相互作用來的。反之，GST 下拉試驗是一種體外檢查蛋白質-蛋白質相互作用的方法。在 GST-pull down 分析中，谷胱甘肽-S-

細胞內容物的分析是一個非常具有挑戰性的問題——通常需要各種分餾，如離心分離細胞器、鹽析蛋白質、透析以去除鹽和小分子等。這可能會將問題的規模縮小到10到數百種豐富的化學物質。色譜法（HPLC在其許多實施例中的一種）可以將其減少十倍或以上。相關服務:蛋白質質譜鑑定

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