蛋白分析FAQ彙總
-
生物分析中最常見的干擾之一是磷脂。這些可能會累積,然後隨著時間的推移逐漸洗脫,導致基線漂移或出現意外峰。在最壞的情況下,這樣的PL峰可以與一個化合物相互作用共洗脫和/或引起離子抑制。我們已經有效地使用鋯技術來去除這些(同時去除蛋白質)。可透過改善萃取條件、改變色譜、嘗試化學衍生化或使用更有選
-
• 我們正在對生物標誌物鑑定進行比較分級研究。我們應該使用 DDA 還是 DIA?此外,不同的儀器型別是否會對分析產生影響?
我們會推薦 DIA(Data independent acquisition)資料非依賴性採集模式,因為它最終可以為定量實驗產生更高質量的資料。不過,DIA可能工作量更大且需要對新技術進行學習。因此,我認為我們無法給出明確的建議。您需要根據實驗室的資源和專業研究做出最終的決定。相關服務:DI
-
• DIA肽檢測和相關的FDR能否應用於全域性而不是區域性?這意味著每個目標和誘餌在所有重複項中只保留它們的最大z值來進行q值計算?
我們已經在一個分支上實現了這種方法,然而,我們的實現需要更多的驗證,因此,它目前還不可用,但我們希望這種技術更新與發展能很快到來。相關服務:DIA定量蛋白質組學
-
• 庫匯入的假陽性率(FDR)是否在肽/蛋白質/肽譜匹配(PSM)級別計算?
如果您指的是資料庫構建的臨界值,那麼它不一定保證是FDR截止值。資料設定的截止值始終應用於搜尋途徑提供的最合適的機率值。對於PeptidePhrophet演算法,該機率值是一個後驗誤差機率,它指示PSM本身的區域性假陽性率。i.e.0.9意味著所有這樣的匹配都可以預期為10次中的9次為真陽性
-
• 當樣品中未新增iRT mix時,您如何將Skyline應用於DIA技術?
Skyline支援使用內源性肽作為iRT標準,Skyline一個很好的起點是使用CiRT肽——一組已發表的80多種存在於真核生物中的保守肽。Skyline將自動選擇其中的一個子集,這些子集在在資料中可以很好地表達。曾有研究在2個體系中含3種生物有體混合資料集上取得了成功,一個是人類、酵母、大
-
• 您能否解釋一下為什麼選中“Use DIA precursor window for exclusion”框?
此覈取方塊將導致Skyline排除用於從生成的MS/MS譜圖中可接受的碎片離子目標組中分離母離子的質荷比(m/z)範圍。例如,如果在四極杆設定為600到625的情況下分離前體,則在600到625範圍內不允許進行碎片離子選擇。假設肽的y8+碎片離子落在這個質荷比(m/z)範圍內並且具有DDA譜
-
您現在可以透過定義目標列表的方法,然後使用 Peptide Settings - Library 選項卡中的 Build 按鈕直接在 Skyline 中構建。這提供了對TUM的Prosit預測伺服器的直接訪問權,並將產生一個包含光譜和 iRT 預測的本地 Skyline 格式 (BLIB)
-
• 如果我們不使用iRT肽段,我們能否定義自己的RT校準肽段?
可以的。在過去的這段時間裏,我們在簡化此過程方面取得了很大進展,很多工作都有了改進。相關服務:DIA定量蛋白質組學
-
• 產品質量分析儀中的 Centroided選項是什麼?如果我們在QE-HFx上獲取資料,我們可以使用Orbitrap設定嗎?
對於Thermo和Bruker,我們建議使用Centroided選項,該選項適用於供應商的質心光譜。您甚至可以獲取您的資料,這樣它們就不會保留完整的剖面光譜,因為它使資料更小,我們相信我們可以從僅質心資料中獲得所需的資料。對於Bruker Q-TOF資料,這幾乎是一項要求,因為他們的剖面資料
-
• 我有一個在DIA模式下獲取的直接輸入資料集。當缺少色譜圖時,我必須考慮Skyline中的哪些引數才能正確處理資料?
不確定,這可以透過支援委員會更好地處理,您可以在那裏給出分析方案並提供示例資料。相關服務:DIA定量蛋白質組學
How to order?