蛋白分析FAQ彙總

• • 凝膠電泳應該使用什麼型別的凝膠？

  許多型別的聚丙烯醯胺凝膠都與 MS 分析相容，包括傳統的 Tris-Glycine 凝膠，或許多品牌的市售預製凝膠，例如 Novax NuPAGE Bis-Tris 和 Tris-Acetate 凝膠。對於蛋白質鑑定，我們沒有觀察到凝膠或梯度凝膠的不同百分比或凝膠厚度不同導致的任何顯著影響。

• • 應該使用哪種凝膠染色方法？

  凝膠可以透過許多不同的方法進行染色，包括考馬斯亮藍染色、膠體考馬斯染色、銅染色、鋅染色、熒光染料染色和銀染色。傳統的銀染色與質譜分析不相容，但一些改進的銀染色程式消除了基於戊二醛的敏化劑的使用，聲稱與質譜分析更相容。有幾種市售的銀染試劑盒都聲稱與 質譜相容。然而，根據我們的經驗，“質譜相容”

• • 我在已鑑定蛋白質的結果列表中看到了很多角蛋白，它們來自哪裏？

  角蛋白和抗菌肽類等汙染物通常來自人為汙染，主要在樣品製備、染色或切割過程中所致。它們可能來自空氣、面板或衣服。除了實驗中使用的生物分類資料庫外，我們還定期搜尋已知汙染物的列表，並在已鑑定蛋白質的最終結果列表中突出顯示它們。相關服務:蛋白質鑑定

• • 肽檢測限是多少？在典型的蛋白質組學分析中可以檢測到多少種蛋白質？

  沒有一個通用的數字可回答這個問題。可檢測蛋白質的數量取決於樣品的複雜性、蛋白質濃度的動態範圍、可用材料和使用的 LC-MS 儀器等因素。單次質譜執行中可檢測的蛋白質範圍可以從幾個蛋白質到幾百或上千個不等。 當前最先進的質譜儀的一般檢測極限在亞飛摩爾（sub-femtomol）和阿託摩爾（at

• • 是否可以區分質量小數區域不同的修飾？

  是的，使用當前的高質量高準確度質譜儀，可以輕鬆區分在較小質量範圍內不同的修飾，例如乙醯化修飾和三甲基化修飾，它們的質量僅相差0.04 Da。相關服務:蛋白質翻譯後修飾

• • 我在已鑑定蛋白質列表中找不到目標蛋白，這是否意味著它不存在於樣本中？

  很難證明蛋白質絕對不存在於樣品中，而僅僅是沒有檢測到。未能檢測到蛋白質可能是因為質量/濃度低或因為它被丰度更高的蛋白質所掩蓋。您的目標蛋白質的肽段也有可能無法被唯一定位，因而使您目標蛋白的密切同源物反而會顯示在列表中。相關服務:蛋白質鑑定

• • 我在質譜結果中發現了一些可能的相互作用物（目標蛋白質複合物的潛在組分或目標蛋白的結合體），接下來需要做什麼來確認這些蛋白質？

  下一步最好是開展重複性實驗，確認我們是否可以重複地確認得到初始結果。需要一式三份（用於實驗和控制條件）以獲得良好的統計基礎並計算倍數變化和相關的p值。爲了更好地區分真正的相互作用物和背景蛋白質，這些值可以視覺化為火山圖進一步分析。相關服務:蛋白質相互作用分析

• • 如何評估資料的質量？

  我們監控 LC 和質譜儀的多個引數，定期校準儀器，在樣品執行之前、之後和執行過程中執行質量控制執行，並在樣品執行之前、之後和執行過程中另外引入洗脫步驟以避免殘留效應。在我們提供的質譜xlsm格式結果檔案中，有一個名為“Quality Control”的選項卡，其中顯示了幾個引數，例如質量偏差

• • 如果我找不到您傳送給我的質譜結果檔案，該怎麼辦？

  我們將所有結果檔案儲存在安全伺服器上，我們可以隨時訪問資料。 因此，如果您再也找不到您的質譜結果，請聯絡我們，我們將向您傳送原始結果檔案的另一份副本。相關服務:生物資訊學分析

• • 原始資料也可以訪問嗎？

  我們將所有原始資料檔案儲存在安全的伺服器上，我們可以隨時訪問。 因此，如果您希望自己擁有原始資料或將其提供給期刊，因為編輯出於透明度的原因要求提供原始資料，請聯絡我們，我們將向您傳送原始原始資料檔案的副本。相關服務:生物資訊學分析