蛋白分析FAQ彙總
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• 在SILAC-DIA 資料分析方面,Spectonaut 是否有改進?
是的,除了您通常會期待更多和改進的鑑定這一事實外,我們現在還在報告中報告前體和蛋白質組水平的重質和輕質數量。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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• 到目前為止,您分析了哪些樣本/組織型別(僅石蠟包埋組織(FFPE)或速凍組織)?
迄今為止介紹了細胞培養,但我們正在研究用於單細胞分析的新鮮冷凍組織和用於深層蛋白質組學的 FFPE。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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• 您是否對不同的細胞型別進行了基準測試? 比如,它們之間每個細胞的蛋白質含量是否存在差異?
我們對海拉細胞(HeLa cells)進行了實驗,因為它們是現成的標準細胞系。在與細胞生長相對應的整個細胞週期中,原始訊號顯著增加。 我們還成功地將其他細胞型別用於單細胞蛋白質組學,目前正致力於組織應用以獲得細胞型別特異性蛋白質組。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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我們的 diaPASEF( parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition)單細胞測量被開發爲完全定量的,並且準確性/可靠性已經過嚴格的基準測試。 這意味著我們在比較一
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• 如果文庫測量中不包含iRT肽,可能發生的最壞情況是什麼?
我們不建議在沒有某種形式的保留時間預測的情況下嘗試使用mProphet峰值檢測。其他指標似乎不足以在全梯度色譜圖上表現很好,並且在沒有保留時間預測來源可用時,其本身提取過程要慢得多且生成的檔案要大許多。這並不意味著您無法透過使用內源性肽作為iRT標誌物來預測保留時間。因此,您的庫測量不需要包
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• 您是否計劃實施無iRT的DIA分析?Spectronaut自動使用內源性肽來計算相對保留時間。
是的。我們現階段可能還沒有那麼自動化,未來我們可能會使無iRT的DIA分析更加自動化,同時提供更多關於實現這一目標的教學材料。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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• 對於mProphet評分,庫強度點積( library intensity dot-product)是什麼意思?
它實際上是庫光譜和測量峰面積之間的“歸一化光譜對比角”。本質上,它是度量測量的譜峰面積的相對強度與庫中的相對強度的匹配程度,其中 1.0 是最好的,0.0 是最差的。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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• Skyline 使用什麼方法去除重複肽段?這些肽是在兩種或多種蛋白質之間所共有的嗎?
是的。當您選擇刪除“重複”時,您實際上是在選擇僅保留目標蛋白質所獨有的肽段。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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• 需要從評分mProphet模型中排除那些貢獻權重很小的引數,以便在總體上沒有太多的引數,還是說整體引數在統計上無關緊要?
刪除這些與測量質量預期不符的引數似乎是合乎邏輯的,因為它們可能是由於過度擬合造成的。例如,如果以某種質量誤差的係數為正,那麼質量誤差越大越好這種邏輯是沒有意義的。這強烈表明需要仔細檢視資料以瞭解模型的結束方式,並考慮最好能從模型中刪除此值。這強烈表明需要仔細檢視資料以瞭解模型如何最終變成這樣
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過渡峰旁邊的紅點表示其色譜圖與主峰的流出曲線不夠接近,不能被視為峰組的一部分。貢獻任何訊號的一切譜峰均被視為峰組的一部分,當您在設定選單下開啟“Integrat All”時,只有當過渡峰對總峰面積沒有訊號貢獻時,Skyline將顯示一個紅點。現階段所有訊號都是譜峰組求和而得,紅點則表示出訊號
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