蛋白分析FAQ彙總
-
• 對於 DIA 肽段搜尋嚮導,是否可以使用SkylineCmd從命令列匯入所有這些內容?
是的。SkylineCmd提供了一個.sky檔案格式模板的全面支援。相關服務:DIA定量蛋白質組學
-
• 您如何鑑定翻譯後修飾?我需要將不同型別的翻譯後修飾輸入一個庫嗎?或者輸入skyline內建庫嗎?
您需要獲取一個包含您所需目標修飾型別的庫,或者使用Prosit庫來進行預測。但是,Prosit庫支援的翻譯後修飾(PTMs)型別非常有限。相關服務:DIA定量蛋白質組學
-
• 您能解釋一下使用"Blank Document" 和輸入DIA肽段檢索的區別嗎?
輸入DIA肽段檢索將引導您逐步完成所提交的表單。您可以透過選擇"Blank Document" ,然後使用設定 > 肽設定和離子對設定、檔案 > 匯入 FASTA、最佳化 > 新增誘餌、檔案 > 匯入 > 結果、最佳化 > 重新整合,以此來獲得所有相同或更多的結果。換句話說,如果您清楚自己想
-
• 您使用了什麼工具來生成xml庫從而作為光譜庫匯入?如果我有一個自定義肽列表,那麼構建自定義光譜庫的最佳/最簡單方法是什麼?
為構建光譜庫而匯入的pepXML使用Comet進行搜尋,並使用Trans Proteomic Pipeline使用 Peptide Prophet進行評分。Skyline網站上有一個頁面解釋了這種表格格式,該格式可以完全自定義匹配肽和分子與光譜並內建到Skyline光譜庫中。相關服務:DIA
-
• Skyline是否有任何內建方法可以使色譜圖鋸齒正常化?您是否建議對iRT肽進行標準化?
任何出現鋸齒狀的色譜圖都可能由設定問題所導致。除非您的供應商保證其標準中的數量保持不變,通常情況下,我們並不建議將iRT肽的峰面積歸一化為“全球標準”。否則,您應該只將它們視為對保留時間進行校準的標誌性肽段,而不能保證其定量一致性。相關服務:DIA定量蛋白質組學
-
• 從譜庫搜尋中最終可鑑定出多少肽?是mProphet決定了確定的肽的鑑定嗎?
我們沒有計算過這個數字,同時此資料庫目的不是最大化這個數值。相反,我們只是展示如何使用Skyline軟體並依靠該工具比較得出它與其他工具驗證後的資料匹配性和可行性。mProphet演算法可自動分配q值,並由您來設定您的q值截止值以實現“自信識別”,其中1% FDR是一個較為常見的截止值。我們
-
是否可使用iRT肽進行歸一化,這取決於您的試劑供應商是否能保證這些肽的定量一致性。您應該能夠使用Skyline工具將iRT歸一化到全球標準,但需要推導該歸一化是否適合並有利於量化。您可以簡單地嘗試驗證一下,收集10個重複新增到樣品基質中的iRT標準品,然後在Skyline中提取標準品譜峰並檢
-
• 對於非標定量技術(LFQ),DDA技術和DIA技術哪個更好?
相比較而言資料非依賴性採集模式(Data independent acquisition,DIA)更好,DIA 已被證明因其更高的選擇性和重現性因而在數量上更勝一籌,但DIA技術需要完成的工作量更大,才能獲得比較好的結果。您選擇哪一種取決於您的可用資源和專業知識。相關服務:DIA定量蛋白質組
-
• Skyline可以輸入一個包含多行轉換(超過excel限制 1,048,576 行)的大型庫嗎?
可以的。我們已經在Skyline中成功搜尋了一個目標列表,其中包含大約6,000,000條轉換(包括目標和誘餌)。但這樣越做越多是沒有意義的,這將會失去一定的定量精度和準確性,從而降低定量靈敏度或透過推動越來越多的測量來增加定量假陽性率。若對於未完善的重複測量並使用它們來確定您應該在測量中使
-
監管機構對某些研究型別要求生物樣品再分析(ISR)。然而,在某些情況下,我們會執行ISR實驗,即使它們不是必需的,以便獲得對特定方法或平臺的信心。相關服務:樣品處理
How to order?