庫匯入的假陽性率（FDR）是否在肽/蛋白質/肽譜匹配（PSM）級別計算？

如果您指的是資料庫構建的臨界值，那麼它不一定保證是FDR截止值。資料設定的截止值始終應用於搜尋途徑提供的最合適的機率值。對於PeptidePhrophet演算法，該機率值是一個後驗誤差機率，它指示PSM本身的區域性假陽性率。i.e.0.9意味著所有這樣的匹配都可以預期為10次中的9次為真陽性。它並沒有說明假陽性的全覆蓋積累效應，因此不能用於估計FDR。對於每個搜尋途徑，您最好研究Skyline使用的機率值，並考慮它如何對映到您所尋求的FDR級別，然後應用適當的截止值以獲得您想要的結果。

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