蛋白分析FAQ彙總
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• 哪種無標記蛋白質組學方法最適合細胞外囊泡的定量蛋白質組學分析?DDA還是DIA?
這在很大程度上取決於想要獲取的實驗效果。DIA具有更好的再現性和更高的資料完整性,但是在定量方面,DIA的靈敏度低於DDA,因為必須掃描完整的光譜,從而減少每個資料點的採集時間。相關服務:DIA定量蛋白質組學
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如果不能確定樣品中也含有去硫生物素肽,但以正確的方式進行LC-MS分析和下游資料分析,應該沒有太大的影響。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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• 如何降低蛋白質組學分析中唾液樣品的粘度,並使樣品粘稠均勻?
可以用緩衝液稀釋唾液以降低粘度,或者你可以使用FASP來製備蛋白質樣品。相關服務:蛋白質組學分析
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1、使用STRING工具,輸入蛋白ID的fasta檔案並選擇蛋白質樣品對應物種的資料庫,即可以獲取蛋白質-蛋白質相互作用網路和大量資訊(請檢視下載部分);2、使用BLASTKOALA工具,輸入蛋白的fasta檔案,即可獲得蛋白ID的GO註釋。相關服務:GO功能註釋及富集分析
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• 可以使用哪種統計檢驗來分析LC-MS/MS-蛋白質組學資料是否為異常值?
排除單個數據點的標準通常為95%(或98%)置信度,即其超過其他佇列樣本的標準偏差。大多數LC-MS/MS研究的問題是,標準偏差太大(因為n太低),幾乎所有結果都在95%置信範圍內。PCA分析僅僅是提示佇列之間的最大差異。在給定的置信水平下,它很少在統計學上有效,並且總是需要有針對性的實驗跟
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• 蛋白質印跡中的內參蛋白是否可用於表明Shotgun蛋白質組學中沒有樣品製備偏倚?
在免疫印跡實驗中,常常使用內參蛋白來驗證樣品製備的重複性,並顯示摺疊變化是生物變異的結果。從這個角度來看,可以假設上述結構內參蛋白的水平對於目的樣品是相同的。另一方面,最近總蛋白標準化是檢驗這一假設的更可靠方法,而不是內參標準化。有幾種方法可以在質量規格的鳥槍蛋白質組學中進行絕對和相對定量,
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將蛋白質組學資料進行生物學資訊分析,如GO功能註釋及富集分析、KEGG通路註釋及富集分析等。相關服務:蛋白質組學資料質量評估
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• 如何量化蛋白質組結果中蛋白質A相對於蛋白質B的樣本內相對數量?
對重肽進行SRM分析以獲取每個肽的絕對數量。相關服務:定量蛋白組分析
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富含二硫化物的肽、澱粉樣蛋白以及不含有帶電殘留物(主要是正電荷)的疏水區域(如跨膜區域)很難用MS進行分析。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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• 如何將細胞內念珠菌蛋白從Nanosep(蛋白濃縮器)轉移到胰蛋白酶消化,然後進行Maldi Tof MS分析?
將其進行甘氨酸SDS-PAGE電泳,然後將目標蛋白條帶切割下來並用胰蛋白酶消化。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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