MS-IP 是如何進行的？

MS-IP 或質譜與共免疫沉澱相結合是識別在 Co-IP 中分離的相互作用夥伴的直接方法。該實驗透過質譜分析來自 Co-IP 的洗脫樣品，並使用生物資訊學軟體分析生成的 MS 資料以鑑定蛋白質。除了鑑定之外，IP-MS 還有助於在對照樣品和處理樣品之間對靶蛋白以及脫靶蛋白產生倍數富集。爲了成功進行 IP-MS 分析，需要使用兩種截然不同的抗體。一種抗體對感興趣的目標蛋白具有特異性，而第二種抗體通常用於檢測與目標無關的衆所周知的豐富蛋白用作實驗的對照。之後，將質譜法檢測到的蛋白質繪製成關於這兩種IP蛋白質的圖表。在此分析中，蛋白質分為三組；1.背景蛋白-與特定抗體或珠子結合的蛋白出現在這部分。他們通常停留在圖表的中間。2.陰性對照蛋白-與陰性對照抗體相互作用的蛋白質沿圖表的 x 軸作圖，它們不與針對目標蛋白的抗體反應。陽性對照蛋白-對目標抗體特異的蛋白質沿 y 軸作圖，它們是試驗中沉澱的目標蛋白的相互作用夥伴。 一旦資料產生相互作用的蛋白質，它們就會被進一步分析以進行富集研究。然而，IP-MS 方法存在一定的侷限性。通常，一些旨在捕獲目標蛋白的抗體無法在其自然確認中結合目標蛋白。雖然其他檢測技術能夠這種情況下識別目標蛋白，但是 MS-IP 無法識別這種情況下的蛋白質。




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