單細胞分析FAQ彙總

• • 如何製備ATAC-Seq的樣品？

  樣品型別：冷凍儲存的細胞 推薦量：3管，每管500μL，至少含50萬個細胞 最小量：3管，每管500μL，至少含10萬個細胞 緩衝液：冷凍儲存培養基（例如新增10%二甲基亞碸的細胞培養基） 裝運方式：乾冰

• • ATAC測序資料中，有哪些重要的質控指標？

  庫複雜性：庫複雜性代表文庫中正在測序的讀長的數量，它與細胞的數量呈正相關。在ATAC測序中，細胞太少會導致過度轉座（或過度消化）產生大量的小片段，而細胞過量會造成轉座不足產生大量非常大的片段。 鹼基質量：鹼基響應的質量由分數（PHRED分數）

• • 覆蓋度和讀取深度有什麼區別？ATAC測序資料需要多少reads？

  覆蓋率和讀取深度是衡量文庫測序情況的指標。從視覺上看，覆蓋率是從水平方向來說的，而讀取深度是從垂直方向來說的。覆蓋率或覆蓋寬度回答了“測序覆蓋了多少樣本？”。它可以表示為測序讀數覆蓋的鹼基百分比，例如95%的覆蓋率表明樣本中95%的鹼基已經測序。

• • ATAC-seq資料的預期重複率是多少？

  重複讀長通常是文庫製備過程中PCR重複的結果，在預處理步驟中，這些讀長被標記並刪除。 由於Tn5 酶的插入是隨機的，因此PCR重複代表偽影，可能會影響下游分析。低重複率 (< 5-10%) 是最佳選擇，雖然稍高的重複率仍然可以接受 (< 20-30%)，但較高的百分比可能表明樣品製備步驟存在

• • 進行ATAC測序需要配對末端資料嗎？

  配對末端資料是首選，因為它們可以識別DNA片段的兩端，這是轉座酶切割的地方。配對末端讀長傾向於提供更高的獨特比對率，並允許您可靠地識別對核小體面積分析有用的核小體模式（單核小體、雙核小體、三核小體）。相關服務:單細胞測序

• • 只有單端讀取資料可以進行ATAC-seq分析嗎？

  可以，雖然首選配對末端讀數，但單末端讀數仍可用於分析ATAC-seq資料。相關服務:單細胞測序

• • ATAC測序是否需要過濾特定插入大小的讀長以進行進一步分析？

  較大的片段也可能以約200個鹼基對的形式週期性出現，其可表示單核小體、雙核小體和三核小體。這些片段可以過濾或用於推斷核小體位置。較大的片段被排除在外，因為它們並不真正代表組蛋白之間的開放染色質區域。相關服務:單細胞測序

• • ATAC測序對齊插入尺寸有什麼趨勢？

  DNA以約147個鹼基對週期性包裹組蛋白。因此需要新增Tn5 酶結合所需的鹼基對，這會將片段增加到160-300bp之間。 觀察插入片段的大小及其丰度，在大約50-100bp處有一個尖銳的初始峰，表明遊離 DNA，然後大約每200bp出現幾個較短的峰，表明單核小體複合物、雙核小體複合物、三核

• • 如果ATAC測序樣本有不同數量的reads，可以將它們統稱為峰值嗎？

  可以。當您有多個包含不同讀長的樣本時，具有較高讀長的樣本將自動縮小以匹配具有較少讀長的樣本。相關服務:單細胞測序

• • ATAC測序資料的推薦峰值設定（寬與窄）是多少？

  雖然ATAC測序可以生成窄區域和寬區域，但建議使用窄峰來捕獲無核小體區域。相關服務:單細胞測序