單細胞分析FAQ彙總

• • 批次RNA序列和單細胞RNA序列有什麼區別？

  標準或批次RNA測序是分析樣本中所有細胞型別的平均基因表達。在典型的實驗中，批次RNA測序通常對數百萬個細胞進行取樣，並檢測15000-18000個轉錄本，但不可能確定每個轉錄物來自哪個細胞。相比之下，在單細胞RNA測序中，單個細胞在捕獲步驟中被編碼，這允許每個轉錄物最終分配給特定細胞。相關

• • Cell Ranger與 Seurat軟體分析的區別？

  二者側重不同，Cell Ranger側重於拆庫定量，可以得到cell-gene矩陣，初步的細胞聚類分型結果及cloup視覺化軟體。Seurat分析基於Cell Ranger結果進行，在引數調整，差異基因展示，細胞週期分析等方面更具優勢，可進行資料探勘。但Seurat結果的視覺化操作不佳，需要

• • 細胞型別定義的方法有哪些？

  1、根據文獻積累，細胞型別相關的資料庫BD Rhapsody、CellMarker等；2、根據單細胞分析軟體如：Seurat和monocle，透過預測輔助進行細胞型別定義；3、細胞定義軟體SingleR；4、其他線上分析工具等。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞資料需要去除細胞週期基因嗎？

  細胞週期階段的異質性，特別是有絲分裂細胞在S期和G2/M期之間的過渡，可以驅動大量的轉錄組可變，可能會掩蓋某些生物訊號。爲了減弱這種可能存在的批次效應，有時會去除該變異源。當然，這需要根據研究方向與內容，判斷是否需要。相關服務:單細胞測序

• • 為什麼相同的資料Cell Ranger分析後，得到的t-SNE圖會不一樣？

  t-SNE圖是展示對細胞聚類一種展示形式，與PCA不同，t-SNE的非線形降維是不確定的，但這不影響資料分析結果。相關服務:單細胞測序

• • Cell Ranger可以去除多細胞捕獲嗎？

  不可以。Cell Ranger分析不能識別多細胞捕獲，也不能去除多細胞。但可以透過細胞的UMIs或檢測到的基因數目明顯偏離異常，來進行過濾多細胞捕獲的可能相關服務:單細胞測序

• • 相同的物種，但參考基因組版本不一致，可以一起整合分析嗎？

  不能。要整合分析的資料，必須有相同的參考基因組。相關服務:單細胞測序

• • 為什麼Reads Mapped to Genome明顯低於常規水平？

  除樣本中有不同物種細胞混合外，一般原因為物種與參考基因組不匹配。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞分析Cell Ranger可以分析多少細胞？

  理論上Cell Ranger可以分析500～10000個細胞，細胞數太少會導致分析結果不準確。相關服務:單細胞測序

• • 影響基因檢出的因素有哪些？

  主要與樣本型別和狀態、測序飽和度以及參考基因組的註釋完整度等因素相關。相關服務:單細胞測序