單細胞分析FAQ彙總

• • 如何判斷FRIP分數好壞？

  FRIP代表Reads In Peak的得分。它是在感興趣的峰值中對映的那些reads與總reads的比率。由於大多數reads不會進入峰中，因此該比率很低。雖然ENCODE資料中的FRIP分數往往介於0.2-0.5之間，但建議最低FRIP分數為0.3。相關服務:單細胞測序

• • 線粒體DNA會在ATAC測序資料中引起噪音嗎？

  是的，線粒體基因組會汙染ATAC測序的結果。爲了避免下游分析中出現問題，對映到線粒體基因組的reads會被刪除。相關服務:單細胞測序

• • 什麼是ATAC-Seq？

  ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的縮寫。相關服務:單細胞測序

• • 什麼是單細胞RNA測序？

  單細胞RNA測序提供了一個反映了批次樣本中所含細胞的平均狀態的表達譜，透過分析單個細胞，人們可以對樣本中的各種細胞型別進行分類，確定樣本中存在的不同細胞狀態，甚至發現以前未知的細胞型別。單細胞測序可以一起處理的細胞數量從100個到數萬個不等。相關服務:單細胞測序

• • 應該提供什麼材料進行單細胞RNA測序？

  1、預製庫-如來自10X Genomics、Drop Seq、FAC分選的平板細胞、Fluidigm C1和In-Drop的預製庫；2、cDNAs-由於從單個細胞中分離出的RNA數量很小，因此樣本不如裸RNA穩定，建議將從樣本提取的RNA轉換為cDNA；3、10X Chromium細胞懸浮液

• • 單細胞RNA測序對樣品有什麼要求？

  1、預製庫-必須提供瓊脂糖凝膠電泳圖譜或顯示文庫大小的圖譜以表明沒有可檢測到的二聚體殘留。2、cDNA-由於單個細胞的cDNA濃度通常太低，無法透過NanoDrop或高靈敏度儀器檢測，因此在進行測序之前會對最終文庫進行鑑定。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞RNA測序需要多少reads？

  建議每個細胞的reads範圍為40000-100000。10X Genomics能夠使用Cellranger軟體估計在MiSeq上執行的文庫QC資料中表示的細胞數，因此能夠更準確地確定要獲取的讀取數。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞測序每個樣品需要多少個細胞？

  理想情況下需要至少500000個懸浮細胞才能使用10x Genomics單細胞測序服務。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞測序每個樣本應該鎖定多少個細胞？

  這取決於具體的實驗目的和樣本型別。通常每個樣本會鎖定3000到8000個細胞。相關服務:單細胞測序

• • 可以用FACS分類來富集單細胞測序樣本嗎？

  當然可以，在寄送樣品之前，可以進行FACS分類以富集感興趣的細胞型別。相關服務:單細胞測序