單細胞分析FAQ彙總

• • 如何準備和寄送ScATAC-seq樣品？

  樣品型別：冷凍儲存的單細胞懸液，一式兩份； 推薦量：1mL樣品中至少含1M細胞； 最小量：500µL樣品中含10萬個細胞（注意：去除死細胞需要 1M細胞）；

• • ScATAC測序分析使用何種平臺和讀取長度？

  ScATAC-Seq通常在10x Genomics Chromium系統結合Illumina NGS測序平臺完成，Chromium系統使用微流控晶片將細胞分隔到數以萬計的 Gel Beads-In-Emulsion (GEM) 中，這種組合使研究人員能夠以高通量方式從生物資訊學上識別數百到數

• • 在Chromium系統上，每個樣本可以對多少個細胞進行ScATAC測序？

  揭示整個組織或細胞群的表觀遺傳調控的全部多樣性通常需要分析數百到數千個活細胞。藉助我們的單細胞工作流程，研究人員可以靈活地指定要測序的細胞數量，每個樣本 500 到 10,000 個細胞。 對於大多數實驗，我們通常建議針對每個樣本定位 3,000 個細胞，但對於高度多樣化的樣本，最多針對10

• • ScATAC測序需要多少reads？

  所需的reads數量取決於基因組大小、已知基因的數量、細胞型別和樣本的染色質狀態。對於大多數研究，50,000個read對是scATAC-Seq的最小讀取深度（25,000個read1；25,000個reads2）。我們建議每個細胞總共讀取75,000次，以最大限度地識別每個細胞中的開放染色

• • ScATAC-seq可以進行哪些型別的資料分析？

  1、將輸入歸一化為每個細胞的相同中值片段（靈敏度）；2、檢測可獲取的染色質峰；3、為聚合資料的峰值和轉錄因子生成計數矩陣；4、降維；5、細胞聚類；6、聚類差異可及性。相關服務:單細胞測序

• • 隔夜運輸的樣品可以進行單細胞測序嗎？

  可以，但是主要注意的是基因表達模式在運輸和儲存過程中可能會發生變化，某些脆弱的細胞型別，如中性粒細胞會丟失，因為它們可能在長期儲存過程中死亡。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞測序每個樣本可以測序多少個細胞？

  根據實驗目的和樣本可用性，捕獲和分析的細胞總數可能在每個樣本500-10000個細胞之間變化。細胞數量越多，加倍率越高（每滴兩個或更多細胞），測序飽和率越低。因此，在大多數實驗中，每個樣本針對3000-6000個細胞。相關服務:單細胞測序

• • 死細胞如何影響單細胞測序的資料？

  死亡細胞和細胞碎片的存在可以在許多方面影響單細胞RNA測序，如影響液滴捕獲、增加環境RNA和錯過測序目標等。一般要求活細胞率達到85%以上，若活細胞率低於70%會進行死細胞清除。相關服務:單細胞測序

• • 可以對任何物種進行單細胞測序嗎？

  是的，從理論上講，可以使用參考基因組分析任何物種。相關服務:單細胞測序

• • 我可以寄送那些型別的樣品進行ATAC-Seq？

  冷凍儲存的細胞、冷凍的植物組織和與Illumina相容的預製文庫都可進行ATAC測序。爲了獲得迴圈儲存細胞的高質量資料，用於製備ATAC-Seq文庫的樣品最好提供3管，每管10萬-20萬個細胞，且活細胞率大於90%。相關服務:單細胞測序