如何用maxquant解析蛋白質譜？

MaxQuant是一款廣泛使用的蛋白質質譜資料分析軟體，它可以處理自下而上策略（bottom-up）的蛋白質質譜資料，實現蛋白質鑑定和定量。以下是使用MaxQuant解析蛋白質質譜資料的基本步驟：

 

1.準備資料和軟體：

確保已安裝最新版本的MaxQuant軟體，下載地址為：https://www.maxquant.org/。同時，準備質譜原始資料檔案（通常為.raw格式）和蛋白質資料庫檔案（如FASTA格式）。

 

2.啟動MaxQuant：

執行MaxQuant軟體，開啟主介面。

 

3.匯入原始資料：

在主介面的左側，點選“Raw files”選項卡，然後點選“Browse”按鈕，選擇質譜原始資料檔案，或將檔案拖放到軟體介面中。

 

4.設定蛋白質資料庫：

點選“Global parameters”選項卡，在“Fasta file”一欄中，點選“Browse”按鈕，選擇FASTA格式的蛋白質資料庫檔案。

 

5.配置引數：

根據實驗需求和資料特點，設定MaxQuant的引數。以下是一些關鍵引數的說明：

• 在“Global parameters”選項卡中，可以設定酶切酶（Enzyme）、酶切位點（Missed cleavages）和固定修飾（Fixed modifications）等基本引數。
• 點選“Group-specific parameters”選項卡，可以設定可變修飾（Variable modifications）、假陽性發現率（FDR）閾值和蛋白質定量方法（如標記與非標記定量）等。
• 在“Label-free quantification (LFQ)”選項卡中，可以設定與標籤自由定量相關的引數，如最小比值數（Min. ratio count）和最小有效值數（Min. valid values）等。

 

6.開始分析：

引數設定完成後，點選主介面右下角的“Start”按鈕，啟動蛋白質質譜資料分析。分析過程可能需要較長時間，具體取決於資料量和計算機效能。

 

7.檢視結果：

分析完成後，MaxQuant會在輸出資料夾中生成多個結果檔案，如proteinGroups.txt（蛋白質組資訊）、peptides.txt（肽段資訊）和evidence.txt（單個肽段的證據資訊）等。這些檔案可以用Microsoft Excel或其他表格處理軟體開啟，檢視蛋白質鑑定和定量結果。

 

請注意，根據實驗需求和資料特點，可能需要調整MaxQuant的引數設定以獲得最佳結果。有關MaxQuant引數設定的詳細資訊和教程，可以參考MaxQuant官方文件和相關論文。

 

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