蛋白分析FAQ彙總

• • 定性鑑定免疫沉澱和/或標記的蛋白質樣品的未知磷酸化位點需要多少樣品，樣品需要多純?

  我們需要至少0-15 ug的高純度總蛋白（基於考馬斯亮藍染色的SPD-PAGE，蛋白純度≥80%）樣品或20-30ug的低純度總蛋白（基於考馬斯亮藍染色的SDS-PAGE，蛋白純度≤50%）樣品，以最大限度地提高檢測成功率和準確率。相關服務:凝膠及影象分析

• • 對於透過質譜法進行磷酸化分析，最終得到的是磷酸化的蛋白質還是實際的磷酸化殘基?

  透過質譜法對經過胰蛋白酶酶解消化後的蛋白質樣品進行磷酸化分析，從而可在肽水平上獲得序列資訊和磷酸化狀態。因此，我們至少可以將磷酸基團定位在幾個殘基內。 如果肽序列上只有一個可磷酸化殘基（即只有一個Ser，Thr或Tyr）或磷酸鹽的數量等於可磷酸化殘基的數量，則可以明確磷酸化的氨基酸位點。如果

• • LC-MS/MS是什麼？

  LC-MS/MS即液相色譜串聯質譜。樣品製備過程中產生的肽透過液相色譜（通常為HPLC）根據物理性質（如疏水性或電荷）進行分離。隨後，質譜儀測量相應肽的質荷比（m/z），基於此計算肽的分子量。在第二次進行MS檢測後，分離目標肽段並進行肽段裂解。由此產生的碎片離子譜、MS / MS圖譜中包含有

• • 什麼是鳥槍法（Shotgun）蛋白質組學？

  在鳥槍法（Shotgun）蛋白質組學中，蛋白質被蛋白水解酶消化為肽段。質譜儀一次只能檢測有限數量的肽，因此在進行 MS 分析之前，先將複雜的肽混合物在 nano-HPLC 上進行分離。從LC中洗脫得到的肽被噴射到MS中，並在電噴霧電離（ESI）過程中被高壓電離為帶電分子。 電離是必不可少的，

• • 蛋白質組鑑定報告中的‘# peptides’是什麼意思？

  ‘# peptides’是蛋白質組中鑑定到的肽序列的總數。相關服務:蛋白質鑑定

• • 什麼是蛋白質小組？

  並非所有鑑定的多肽都可以唯一地匹配到資料庫中的單個蛋白質。例如，蛋白質亞型或同源蛋白質的相同的序列部分就會產生相同的多肽。因此，當一個已確定的肽可能屬於多種蛋白質時，這些蛋白質則被劃分爲一個蛋白質小組。每個蛋白質小組由一個主蛋白質代表，主蛋白質是蛋白樣品中最有可能存在的蛋白質（通常具有最高數

• • 氣相色譜中的載氣是什麼?

  載氣是用來攜帶樣品的惰性氣體。經常使用氦氣(He)、氮氣(N2)、氫氣(H2)和氬氣(Ar)。氦氣和氮氣是最常用的，並且在使用毛細管柱時需要使用氦氣。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 在觀察磷酸化的蛋白質時，裂解物在-80℃或-20℃儲存以防止降解是否更好?

  將裂解物儲存在-80℃，以防止裂解物中存在的磷酸酶降解磷酸化蛋白。相關服務:磷酸化定量蛋白組學研究

• • 我應該用磷酸酶抑制劑製備樣品嗎？

  使用磷酸酶和蛋白酶抑制劑，並將樣品放在冰上，以在樣品製備過程中抑制蛋白質降解並保護翻譯後修飾。相關服務:磷酸化定量蛋白組學研究

• • 分析色譜和製備色譜的區別是什麼？

  分析色譜用於確定樣品中分析物的存在以及可能的濃度。例如，透過尺寸排阻色譜估計抗體樣品中的聚集體/二聚體含量。 製備色譜用於純化足夠量的物質以供進一步使用，例如用於功能或結構研究。相關服務:蛋白質質譜鑑定