對於透過質譜法進行磷酸化分析，最終得到的是磷酸化的蛋白質還是實際的磷酸化殘基?

透過質譜法對經過胰蛋白酶酶解消化後的蛋白質樣品進行磷酸化分析，從而可在肽水平上獲得序列資訊和磷酸化狀態。因此，我們至少可以將磷酸基團定位在幾個殘基內。如果肽序列上只有一個可磷酸化殘基（即只有一個Ser，Thr或Tyr）或磷酸鹽的數量等於可磷酸化殘基的數量，則可以明確磷酸化的氨基酸位點。如果存在多個Ser，Thr或Tyr，我們會利用 MS/MS 譜圖和A-Score的評分演算法來為磷酸鹽在肽上的定位提供統計置信度。

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