蛋白分析FAQ彙總
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• 我可以做些什麼來增加目標蛋白質的序列覆蓋率以繪製PTMs譜圖？
蛋白質序列覆蓋率可以透過以下方式增加：製備質量更高的蛋白樣品、獲得更高純度的目標蛋白質、使用多種具有不同蛋白質消化特異性的酶或使用特異性PTMs富集技術，例如 TiO2用於蛋白質中磷酸化肽的富集。相關服務:翻譯後修飾
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ptmRS是一種用於在肽段中分配PTM修飾位點的演算法。該演算法結合相應肽序列利用MS/MS光譜來計算出所有潛在的翻譯後修飾位點的位點機率。ptmRS指數是使用串聯質譜的位置確定離子從而計算出翻譯後修飾殘基的位點機率（定位機率）。我們主要使用ptmRS指數來計算磷酸化位點的位點定位機率。相關
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隨著蛋白質組學分離技術的進步和質量分析儀的改進，基於質譜的蛋白質組學在實驗研究中產生的資料呈指數增長趨勢。如此龐大的資料集需要自動化計算工具來進行高通量資料分析和方法統計控制。通常使用幾種流行的資料庫搜尋演算法中的一種或多種搜尋方式。這些檢索工具的匹配資料可能會有假陽性，在做出任何生物學解釋
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隨著反應時間的推移，將洗脫肽的強度累積相加可以對肽丰度進行定量測量。它透過比較樣品之間肽的量來實現蛋白相對定量。由於肽的電離能力變化很大，因此無法在不同的肽之間進行比較。儘管如此，將屬於一種蛋白質的幾種肽的積分訊號求和也可以比較不同樣品之間的蛋白質含量--相對定量。蛋白質area值是透過將前
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原始樣本區域被標準化以考慮載入到 MS 上的不同樣本量。這允許比較不同樣品的蛋白質含量。因此，總面積高的樣本除以一個因子，而總面積低的樣本乘以一個線性因子，使得所有樣本在歸一化後最終具有相同的總面積和。相關服務:生物資訊學分析
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質譜儀並不檢測實際分子質量，而是檢測其質量 (m) 與其電荷 (z) 之間的比率（m/z）。所有分子的電荷至少為1，因為質譜儀僅檢測帶電分子。多電荷分子在m/z標度上顯示較低。 要從分子的m/z值確定分子的實際質量，必須確定其電荷狀態。為此，使用了分子同位素模式，http://www.ion
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‘MH+’是單電荷分子的肽質量，可以透過測量的質荷比（m/z）計算得出。‘MH+’由待測分子M的質量加上質子‘H+’的質量組成，質子H+產生正電荷並使質量增加1 Da。因此，檢測到的離子質量比不帶電分子的單同位素質量高一個單位。相關服務:生物資訊學分析
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檢索空間（search space）表示所用資料庫中每個單獨光譜的可能匹配的數量。資料庫越大，潛在切割位點和遺漏切割位點的數量越高，搜尋空間就越大。則檢索到的動態修飾位點的數量也是越大。相關服務:生物資訊學分析
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• 生信分析中 GO術語（Gene Ontology term）是什麼？
我們定期執行基因本體（Gene Ontology）分析，以報告已鑑定蛋白質的分子功能、細胞成分、生物過程以及蛋白質家族 (Pfam ID) 的基因本體。相關服務:生物資訊學分析
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• 生信分析中序列覆蓋率（Sequence coverage）是什麼？
序列覆蓋率（（Sequence coverage））是識別蛋白質中氨基酸數量的百分比值。 如果鑑定的肽在1.000個氨基酸長的蛋白質中覆蓋200個殘基，則序列覆蓋率為 20%。序列覆蓋率可以從0%到100%不等，通常不會在樣品中檢測到所有屬於蛋白質的肽段。這取決於許多因素，例如蛋白質序列、蛋
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