蛋白分析FAQ彙總

• • 如何克服蛋白質不同互動屬性的問題？

  許多蛋白質是“社會性”的，並且在稱為蛋白質複合物的組中相互作用。其他一些合作伙伴相當“非社交”，只有有限的交流（例如訊號轉導途徑），並且僅參與短暫的相互作用（即容易形成和破壞的蛋白質相互作用）。 可以使用交聯劑（例如甲醛）的作用將相互作用蛋的白質“粘合”在一起。 例如，您可以在蛋白質提取物中

• • 如何從血液、尿液和組織等生物基質中提取、分離和濃縮極性化合物？

  對於生物基制中極性化合物的提取和分離，建議採用親水作用色譜(HILIC)方法。相關服務:樣品處理

• • 如果裝置鑑定出的替代肽對您的蛋白質的特異性不高怎麼辦？

  在進行任何“wet work”之前，我們總是進行計算機分析並確定各種消化產生的潛在肽的特異性。如果它們符合我們的標準，我們就會針對這些替代肽。如果不能產生合適的替代肽，那麼我們將使用替代檢測平臺。相關服務:蛋白質鑑定

• • 什麼是蛋白質推斷？

  當針對肽序列資料庫搜尋MS / MS譜時，在大多數情況下，匹配的肽並不是單個蛋白質所獨有的。然而，我們通常想知道樣品中存在哪些蛋白質。因此，我們面臨著蛋白質推斷的挑戰：給定一組肽匹配，我們認為樣品中存在哪些蛋白質？ 通常的方法基於“簡約原則”。我們報告瞭解釋觀察到的肽匹配的最小蛋白質集。如果

• • 分析報告中的獨特肽（unique peptides）是什麼意思？

  ‘unique peptides’反映了由列出的主蛋白所代表的蛋白質組所特有的肽序列的數量。這些肽不存在於任何其他不同組的蛋白質中。主蛋白中包含了所有列出的特異性肽，此蛋白組中的其他蛋白質可能僅包含特異性肽的其中一個子集。相關服務:生物資訊學分析

• • 什麼是肽譜匹配（PSM）？

  肽譜匹配（PSM)是與給定蛋白質的肽序列匹配的MS/MS譜的數量。對於高丰度肽，通常匹配到多個譜圖，因而PSM值很可能高於所鑑定出肽的數量。PSM可作為一種無標記的半定量（光譜計數）方法，同時PSM也間接反映了對應多肽的丰度。相關服務:生物資訊學分析

• • 什麼是不完全酶解位點數目(Missed cleavages)？

  Missed cleavages指酶未切割的肽序列中切割位點的數量。這個值排除了氨基酸（例如Pro）抑制切割酶（例如胰蛋白酶）的情況。 作為蛋白質酶消化效率和再現性的質量控制，我們還報告了錯過的蛋白水解切割位點的數量。通常在生物資訊學檢索工具會在胰蛋白酶消化蛋白組之後，會多考慮2個遺漏蛋白裂

• • 什麼是質譜阿曼達分數(Amanda Score)？

  Amanda score是每個肽譜匹配（PSM）的一個機率性的搜索引擎識別分數，Amanda score使用的是基於機率的評分。因而可以使用一個簡單的機率規則來判斷一個譜圖結果，Amanda score值越高，對應的譜圖鑑別機率就越高。爲了滿足高質量標準，我們為 Amanda 評分設定了 1

• • 可以鑑定哪些修飾？

  我們經常研究的翻譯後修飾（PTMs），主要包括磷酸化（S，T，Y）、乙醯化（K）、泛素化（K）、甲基化（K，R）、二甲基化（K，R）和三甲基化（K）修飾。此外，我們尋找可能在樣品製備過程中引入的修飾，如透過半胱氨酸二硫鍵的還原和烷基化產生的氧化（M）修飾和氨基甲基化（C）修飾。此外，我們還可

• • 對映 PTM 站點有哪些顧慮？

  目標蛋白質的序列覆蓋率越高，檢測和鑑定攜帶有修飾基團的肽的統計概論就越大。PTMs通常以亞化學計量方式計算得出，這意味著如果某個修飾的位點佔有率低，則檢測到修飾肽的概論隨之也隨之降低。相關服務:翻譯後修飾