什麼是蛋白質區（area）和iBAQ值？

隨著反應時間的推移，將洗脫肽的強度累積相加可以對肽丰度進行定量測量。它透過比較樣品之間肽的量來實現蛋白相對定量。由於肽的電離能力變化很大，因此無法在不同的肽之間進行比較。儘管如此，將屬於一種蛋白質的幾種肽的積分訊號求和也可以比較不同樣品之間的蛋白質含量--相對定量。蛋白質area值是透過將前三個肽的峰面積相加來計算的，是反映蛋白質丰度的半定量值。 另一種選擇是iBAQ：iBAQ值等於每種蛋白質的所有胰蛋白酶肽的強度總和除以理論上可觀察到的肽的數量。每個肽在MS中產生一個訊號，測量其強度並計算曲線下面積。屬於同一種蛋白質的所有肽區域根據某些標準進行彙總（包括或排除對於某種蛋白質異構體而言不是唯一的肽）。然後將這些蛋白質區域除以該蛋白質的理論肽數。這種量化稱為 iBAQ（基於強度的絕對量化），iBAQ 值與蛋白質的摩爾量成正比。iBAQ 演算法可以粗略估計每個樣品中蛋白質的相對丰度。 這些是可用於根據蛋白質丰度對蛋白質進行排序的估計值：1E4 非常低，代表背景訊號，噪聲接近檢測限，而1E10非常高，則反映了丰度最高的蛋白質。通常，使用的蛋白酶、抗體或角蛋白等汙染物會出現在質譜執行中，其丰度可能大於所鑑定出的丰度最高的目標蛋白質。在一個良好的親和純化實驗中，誘餌蛋白應該出現在前20種丰度最高的蛋白質中。




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