應該使用哪種凝膠染色方法？

凝膠可以透過許多不同的方法進行染色，包括考馬斯亮藍染色、膠體考馬斯染色、銅染色、鋅染色、熒光染料染色和銀染色。傳統的銀染色與質譜分析不相容，但一些改進的銀染色程式消除了基於戊二醛的敏化劑的使用，聲稱與質譜分析更相容。有幾種市售的銀染試劑盒都聲稱與質譜相容。然而，根據我們的經驗，“質譜相容”銀染凝膠條帶的膠內消化肽的產量仍遠低於具有相同蛋白量的膠體考馬斯染色凝膠條帶的肽產量。雖然我們接受銀染凝膠樣品，但我們鼓勵客戶努力純化足夠的蛋白質樣品以使用膠體考馬斯、Cu 或 Zn 染色（其檢測限約為 10 ng），並在純化更多蛋白質太困難時使用銀染色。從長遠來看，最佳化純化程式通常會得到很大的回報，因為它通常會帶來在高置信水平下鑑定這些蛋白質的高成功率，這些經驗對未來的工作很重要。此外，請注意避免此步驟中的汙染。徒手接觸或使用髒容器或受汙染的試劑可能導致鑑定失敗！

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