如果定量蛋白質組學實驗包含大量樣本，那麼選擇哪一種方法比較好？

Label free無標記定量最合適。SILAC和iTRAQ的樣本數量而言，有限的性質以及它們定量的比率性質意味著這些方法需要將所有樣本與內部參考進行比較，從而在實驗中引入額外的測量誤差。對於iTRAQ，由於定量發生在MS/MS光譜中，因此，所有樣品中唯一可定量的蛋白質將是所有分析中鑑定的蛋白質，限制了定量肽的總數。

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