蛋白分析FAQ彙總

• • 蛋白質組圖分析一次可以鑑定出多少種蛋白質？

  1D LC-MALDI足以鑑定1000+個蛋白質；2D LC-MALDI足以鑑定2000+個蛋白質。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • iTRAQ相比2D凝膠電泳的優勢？

  在使用iTRAQ的2D LC質譜中，所有蛋白質都在一次實驗中進行分析、鑑定和定量；而使用2D凝膠電泳時，必須對每個斑點進行成像，測量其強度，然後切下斑點並單獨鑑定。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC

• • MS 分析所需的最少蛋白質量是多少？

  無標記定量蛋白質組學：15 µg；無標記深度分離蛋白質組學：150 µg；TMT 定量蛋白質組學：15 µg；磷酸化蛋白質組學（以及其他 PTMs）：500 µg – 1 mg；微流無標記蛋白質組學：100 µg；微流深度分離蛋白質組學：500 µg – 1 mg。0.5 – 5 µg/µl

• • 可以寄哪些型別的蛋白質組樣本？

  我們能夠分析各種生物體和來源的各種含蛋白質的樣品：1.來自人類、細菌、真菌、動物或植物的細胞團塊和組織。我們通常要求向我們提供速凍細胞團塊（請提供估計的細胞數量或組織重量，並在分析前將樣品儲存在 -80°C）。請注意，如果您使用的需要 S2 安全級別的細胞或組織，請在將樣品郵給我們之前滅活。

• • 應該在什麼緩衝液中提交樣本？

  如果您向我們提供蛋白質水平的樣品，我們將進行蛋白質消化和肽淨化。理想情況下，蛋白質應在相當“中性”pH 的水性緩衝系統中提交。蛋白質組學中常用的緩衝液是：Tris，pH 範圍 7.0 - 9.0；HEPES，pH 範圍 7.2 - 8.2；碳酸氫銨 NH4HCO3，pH 範圍 7.0 –

• • 哪些是在蛋白質組學分析中嚴格避免使用的緩衝液新增劑？

  洗滌劑，如NP-40或Triton X-100通常是有問題的且應該完全避免使用的。如果可能 ，也要避免使用甘油。金屬鹽（Na +、K +和磷酸鹽），如氯化鈉會影響電噴霧電離，因此必須在所有樣品的最後一個肽清洗步驟中去除。相關服務:組學分析

• • 為什麼樣品中有聚乙二醇 PEG 汙染？

  聚乙二醇 (PEGs) 的重汙染是質譜分析中的一個大問題。它們會對您的資料產生負面影響，並且非常難以擺脫。我們觀察到，PEGs 的常見來源是樣品製備過程中使用的過濾器和膜，例如 0.2 或 0.45 µm 過濾器或 MWCO 過濾器。根據公司的不同，這些過濾器和膜可能會被 PEG 嚴重汙染。

• • 我在我的蛋白質列表中看到了許多角蛋白。它們來自哪裏？

  角蛋白來自面板或頭髮。它們通常存在於每個樣品中，並在資料分析過程中作為“潛在汙染物”被過濾掉。相關服務:蛋白分析

• • 我可以獲得原始資料嗎？

  是的。我們根據要求為您提供原始資料。相關服務:蛋白分析

• • 除了樣本，我還需要為資料分析步驟提供什麼？

  對於每個質譜分析，都需要一個蛋白質 fasta 檔案。如果您使用的是非模式生物，向我們提供來自公共資料庫（如 NCBI 或 uniprot）或自測序和註釋的蛋白質 fasta 檔案將非常有幫助。如果沒有可用的，請在啟動會議上告訴我們，我們可以討論資料分析的可能選項。此外，如果您向我們提供有關