應該在什麼緩衝液中提交樣本？
如果您向我們提供蛋白質水平的樣品，我們將進行蛋白質消化和肽淨化。理想情況下，蛋白質應在相當“中性”pH 的水性緩衝系統中提交。蛋白質組學中常用的緩衝液是：Tris，pH 範圍 7.0 - 9.0；HEPES，pH 範圍 7.2 - 8.2；碳酸氫銨 NH4HCO3，pH 範圍 7.0 – 8.0。通常這些緩衝液的使用濃度在 50-100 mM 之間。其他新增劑：除了緩衝分子，可以將其他新增劑新增到裂解緩衝液中，以提高蛋白質的溶解度和穩定性（但同時會使它們變性，即蛋白質不再處於其天然摺疊結構。如果天然摺疊和蛋白質活性是必需的，應使用其他裂解緩衝液）。蛋白質組學中典型的變性新增劑是洗滌劑，例如 8M尿素；2% 脫氧膽酸鈉 (SDC)；2% 十二烷基硫酸鈉 (SDS)。 它們有助於溶解難溶性蛋白質，但它們也需要良好的樣品淨化方案，因為樣品需要不含洗滌劑才能進行質譜分析。此外，還原劑，如 1 mM DTT（二硫蘇糖醇）；5 mM TCEP（三（2-羧乙基）膦）經常被新增，因為它們有助於減少氧化損傷並透過切割二硫鍵使蛋白質變性。裂解緩衝液中的其他典型新增劑是，蛋白酶抑制劑（防止蛋白質的非特異性切割）、磷酸酶抑制劑（防止磷酸化變化）、金屬螯合劑（如 EDTA，結合金屬離子）、鹽（以保持緩衝液的離子強度）。蛋白質組學中使用的典型細胞裂解緩衝液是：8 M 尿素；100 mM NH4HCO3；1 mM DTT；(5 mM EDTA)；酸鹼度 8.0。如果您向我們提供肽級樣品（蛋白質消化和肽清潔在您的實驗室發生過），理想情況下請提供完全乾燥的肽（以便我們可以將它們重新懸浮在適合質譜的溶劑中）或將它們在高純水（最好是質譜級）和最高 2% 乙腈和 0.1% 甲酸中提供給我們。對於微流樣品，需要 0% 乙腈。重要的是，請與我們分享您的特定緩衝液成分！然後，我們可以做出明智的決定併爲您提供相應的建議。
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