蛋白分析FAQ彙總

• • 基於SILAC、iTRAQ/TMT 和label-free的蛋白定量有什麼區別？

  SILAC是可用於處理細胞系樣本的體內標記方法；同位素標記的氨基酸可以透過細胞倍增摻入蛋白質組中。iTRAQ/TMT 是體外標記方法，可用於處理無法在體內標記的蛋白質樣品。基於Label-free的定量不使用含有穩定同位素的化合物與蛋白質化學結合並對蛋白質進行標記。此外，它還以經濟高效適用於

• • 如果研究的物種不是模式生物，應該怎麼做？

  透過參考親緣關係最近的模式生物，可以實現成功鑑定蛋白質。如果質譜圖很好但沒有鑑定結果，則表明這可能是一種全新的蛋白質。De-novo等技術可用於深度分析和鑑定。相關服務:蛋白全序列測定

• • 蛋白質定量分析需要多少蛋白質？

  50-100 µg 的蛋白質足以讓我們進行蛋白質定量分析。相關服務:定量蛋白組分析

• • 應該如何準備樣品？

  關於樣品準備，您可以向我們提供凝膠、溶液或凍幹蛋白質樣品。如果您想向我們提供溶液樣品並進行 MS 步驟，我們建議您使用低鹽濃度且不含任何去汙劑的緩衝液。相關服務:蛋白分析

• • 如何濃縮蛋白質樣品？

  由於大量的樣品損失，傳統的蛋白質濃縮方法，如透析和膜過濾通常不適合微克級蛋白質濃縮。因此，我們建議使用蛋白質親和濃縮的方法，蛋白質與親和珠結合，洗滌去除鹽分，用合適的洗脫緩衝液洗脫。相關服務:蛋白分析

• • 蛋白質質譜資料搜庫時知道要搜尋哪個基因組資料庫很重要嗎？

  是的，蛋白質鑑定是透過將肽片段與公共資料庫中的序列進行匹配來實現的。這是人類、小鼠、水稻、擬南芥、果蠅等的理想選擇。如果樣本來自與已知基因組高度相似的生物體，則可以獲得良好的結果。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 質譜是如何鑑定蛋白質的？

  首先用胰蛋白酶將蛋白質消化成肽，然後將每個肽離子片段在質譜儀中單獨分析。這個過程透過斷開氨基酸將每個肽片段化，將質譜得到的碎裂光譜與資料庫使用Mascot搜尋演算法查詢相同的氨基酸序列。該方法可以識別已知的蛋白質以及與其密切相關的蛋白質。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • MS/MS（MALDI-TOF/TOF或LC-MS/MS）分析的靈敏度如何？

  該技術比N端Edman測序更敏感，蛋白條帶必須透過銀染色可見，通常需要10ng-100ng純蛋白。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 銀染或熒光染色的膠點膠條樣品是否需要合併？

  最好合並，提供儘可能多的蛋白質增加了成功鑑定的機會。銀染樣品至少合併2個膠點，sypro ruby或Cy dyes至少合併3個膠點。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 樣品汙染會影響質譜鑑定嗎？

  毫無疑問，在分析前若樣品存在汙染會先進行去汙處理。相關服務:蛋白質質譜鑑定