蛋白分析FAQ彙總

• • 為什麼有些蛋白質沒有被檢測到？

  請記住，基於質譜的蛋白質組學不會檢測您樣品中的所有蛋白質。蛋白質會因為多種原因而逃脫檢測，僅舉幾例：如果它們太少；如果他們不能用所用的蛋白酶產生合適的肽；如果它們只生成具有不良質譜響應因子的肽；如果它們只產生我們在資料分析中未涵蓋的攜帶 PTM 的肽。因此，如果未檢測到某蛋白質，並不意味著您

• • 我想要最好的結果——我如何將我的樣品提交給你們？

  我們越來越多地嘗試避免透過 SDS-PAGE 分離蛋白質。相反，我們更願意在樣品製備過程的最早階段收到樣品。如果您進行了 co-IP 實驗，請將與珠子結合的蛋白質留下，然後將珠子給我們；如果您想要對您的細胞進行全面的蛋白質組覆蓋，只需在 PBS 中進行最後一次廣泛洗滌後將細胞沉澱給我們；如果

• • 你們的工作人員會從我的 SDS-PAGE 凝膠上切下一條蛋白質條帶嗎？

  是的，我們希望您提供考馬斯染色凝膠，並讓我們切您的泳道或條帶。我們經驗豐富的員工瞭解避免樣品（角蛋白）汙染的所有技巧和竅門。此外，瞭解凝膠的樣子對於估計蛋白質總量也很重要。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 我可以從自己的凝膠上切下條帶，然後給你們一片凝膠嗎？

  是的，您可以。但是，我們更希望您提交完整的凝膠並在凝膠掃描上標記需要切割的條帶。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 我有一個銀染凝膠，能用它進行質譜分析嗎？

  是的，您可以，但請注意，我們會從考馬斯染色凝膠中鑑定出更多的蛋白質，即使銀染凝膠上似乎有更多條帶。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 你們的實驗室使用什麼型別的質譜儀？

  我們有一個 Orbitrap Lumos、一個 Orbitrap Fusion、一個 Q Exactive PLus 和兩個 LTQ-Orbitrap XL 質譜儀（其中一個採用 ETD 技術），它們全都連線有nanoflow LC 系統（Agilent、Eksigent 和 Waters

• • 你們可以檢測什麼樣的翻譯後修飾？

  可檢測任何翻譯後修飾：磷酸化、甲基化、乙醯化、泛素化等。詳情請聯絡我們。相關服務:翻譯後修飾蛋白組分析

• • 分析蛋白質中的 PTMs 關注的是什麼？

  您將有兩個主要關注點： 1) 覆蓋率：質譜技術能否提供高的序列覆蓋率？覆蓋率越高，檢測和鑑定含有修飾基團的肽的統計機會就越大。2）修飾位點的佔有率（化學計量）：蛋白質製劑的修飾百分比是多少？如果它很低，那麼檢測到修飾肽的機會就會降低。如果佔有率很高，那麼這有利於識別修飾位點。相關服務:翻譯後

• • 如何增加磷酸化、甲基化、泛素化等位點的覆蓋率？（我知道高覆蓋率對於增加確定 PTM 位點的機會至關重要）

  首先，請注意，由於獨特的序列，每種蛋白質都有不同的潛力以高序列覆蓋率被繪製。增加所有蛋白質的覆蓋率：1) 從更大量的蛋白質開始進行質譜分析；2) 確保蛋白質是純的；3) 使用多種質譜儀器/技術進行分析將增加覆蓋率；4) 使用 TiO2 富集磷酸肽。相關服務:翻譯後修飾蛋白組分析

• • 糖基化位點會抑制蛋白質的鑑定嗎？

  如果蛋白質的純度和濃度很高，那麼在大多數情況下，基於 質譜的蛋白質鑑定仍然是有利的。然而，連線的碳水化合物 (CHO) 鏈會透過以下機制削弱特定肽段的基於質譜的鑑定：1) CHO 鏈可以阻斷胰蛋白酶切割；2) 連線的 CHO 鏈的可變質量會降低糖肽檢測。建議：在凝膠上樣和質譜分析之前，用 N