蛋白分析FAQ彙總

• • 使用iTRAQ實驗可以進行哪些比較？

  可以根據iTRAQ結果進行實驗內部和內部（不同實驗間）實驗比較。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 對照樣品中不存在但試驗中存在的蛋白質樣品或對照存在但試驗中不存在的蛋白質，iTRAQ會檢測到嗎？

  可以，當對照樣品中不存在蛋白質時，iTRAQ實驗以大比例識別此類蛋白質，當測試樣品中不含蛋白質時，其比例為0。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC

• • iTRAQ結果中的一種蛋白質具有95%置信度以上的肽，但沒有定量值，這意味著什麼？

  這通常意味著，儘管鑑定資料的質量很高（>95%置信度鑑定的肽），但該特定蛋白質的定量資料質量很差，因此ProteinPilot軟體未報告定量結果（比值和p值）。相關服務:基於標籤的蛋白質定量技術-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 什麼是MRM？

  MRM多反應監測（也稱為選擇性反應監測–SRM），是一種高度特異和靈敏的質譜技術，可選擇性地定量複雜混合物中的化合物。該技術使用三重四極MS，首先靶向對應於感興趣化合物的離子，隨後該靶離子碎裂以產生一系列子離子。可以選擇這些片段子離子中的一個（或多個）用於定量目的。只有滿足這兩個標準的化合物

• • MRM可以分析什麼樣的樣品？

  基本上，任何可以電離然後破碎的化合物都可以用於MRM分析。最典型的例子是蛋白質和肽、代謝物或複雜混合物中的藥物，如血漿和血清等。相關服務:MRM/PRM定量蛋白組學分析

• • MRM靈敏度如何？

  MRM是一種高度靈敏的質譜技術。可以檢測典型MS方法通常看不到的肽化合物。例如，肽可以在毫摩爾濃度下精確定量。在複雜樣品中，可以以µg/ml濃度定量肽。相關服務:MRM/PRM定量蛋白組學分析

• • MRM與絕對或相對定量相容嗎？

  MRM技術可提供任何型別定量的結果。相對定量通常是直接的，但對於絕對定量，需要適當的標準。對於絕對定量，根據加標的內標（例如，合成穩定同位素標記的肽標準）對特定肽進行定量，以產生蛋白質濃度的測量值。相關服務:MRM/PRM定量蛋白組學分析

• • 質譜可以分析的最大分子尺寸是多少？

  160,000 amu。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 蛋白和肽的完整質譜分析如何準備樣品？

  1、蛋白質必須是純的，即不應存在其他蛋白質。2、蛋白質必須從低鹽緩衝液中凍幹（冷凍乾燥）。請在乾燥前說明液體的體積。3、乾燥前的蛋白質濃度必須至少為0.1mg/ml。4、溶液必須是低鹽緩衝液，例如50毫米碳酸氫銨；對於TRIS或磷酸鹽緩衝液，最大鹽強度為20mM。NaCl和表面活性劑（如SD

• • 蛋白和肽的完整質譜分析需要多少樣品？

  對於高純度蛋白質樣品，至少需要10μg。但是，應提供至少50微克以確保獲得最佳結果。對於純肽，至少需要10ng。相關服務:蛋白質質譜鑑定