蛋白分析FAQ彙總

• • 從SDS-PAGE中某些條帶的凝膠內消化物中鑑定出的一些蛋白質在Shotgun蛋白質組學鑑定中找不到，可能的原因是什麼？

  可能是某些蛋白的丰度較低。相關服務:Shotgun鳥槍法蛋白質鑑定

• • TIC和EIC分別代表什麼？

  TIC(Total Ion Current，TIC)總離子流圖是質譜檢測到的經色譜分離後的所有組分的離子強度-時間譜圖；EIC(Extracted Ion Chromatography)提取離子流圖是在一系列質譜資料中選擇特定的離子質荷比資訊繪製的離子強度-時間譜圖。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 譜峰變寬的原因？

  1、凝膠柱本身退化；2、流動相和固定相發生了相互作用。相關服務:蛋白質純度分析（分子篩/反相色譜）

• • 凝膠柱平衡太慢是什麼原因？

  導致柱平衡慢的常見原因是，組分在流動相中對柱吸附強或者在流動相中濃度小甚至為零。相關服務:蛋白質純度分析（分子篩/反相色譜）

• • 內標法對內標物的要求是什麼？

  1、內標物的結構或理化性質應與被分析組分相似或相近；2、內標物的保留值應稍大於或小於被分析物的保留；3、內標物的峰要與所有被分析物的峰有良好的分離度（R大於1.5）；4、儀器對分析物的響應與內標基本一致。相關服務:蛋白質純度分析（分子篩/反相色譜）

• • “無限直徑效應”是什麼？

  在HPLC分析時使用了高效微粒固定相及高壓流動相，樣品以柱塞式注入色譜柱後，因柱的阻力大，樣品分子在柱中的分子擴散很小，直至它從色譜柱流出也未與色譜柱內壁接觸，因而引起的色譜峰形擴充套件很小，能保持高柱效。相關服務:蛋白質純度分析（分子篩/反相色譜）

• • 一級質譜和二級質譜有什麼區別?什麼時候做一級，什麼時候做二級?

  一級質譜鑑定的方式主要指肽指紋圖譜(PMF)，即利用質譜儀精確測量酶解片段的分子量並搜庫比較實現蛋白質的鑑定；二級質譜是在一級質譜的基礎上再選擇部分肽段做進一步的破碎並對碎片進行深入分析和比較，鑑定出該肽段的序列並結合PMF的結果從而實現蛋白質的鑑定。二級質譜能夠得到部分肽短的序列，具有更高

• • 質譜分析的樣品不是來自模式生物怎麼辦？

  可以參考親緣關係最近的模式生物做比對而實現蛋白質的成功鑑定，如果質譜圖很好而沒有鑑定結果說明這是一個全新的蛋白，可以採用從頭測序等技術做深入分析與鑑定。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 該如何判斷質譜效果的好壞?

  做PMF一般得分超過60分(P<0.05)就算成功鑑定；而串聯質譜，得分超過60分或者雖然沒有超過60分，但是有最少一條肽段的得分超過30分就算成功鑑定。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 一些特殊的質譜方法有什麼用途？

  質譜的其它用途包括磷酸化位點分析、蛋白測序、混合蛋白鑑定(shotgun技術)以及分子量精確測定、二硫鍵位置分析等等。相關服務:蛋白質質譜鑑定