蛋白分析FAQ彙總
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我們需要至少10μg蛋白質。請提供樣品的緩衝液組成的詳細資訊。 注意:PEG,甘油和洗滌劑不適合進行質譜分析,必須在提交樣品之前去除。我們可以嘗試對較低體積/濃度樣品的分析,但不能保證結果。可根據要求使用替代蛋白酶。相關服務:蛋白鑑定
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• 如何準備用於翻譯後修飾分析的純蛋白質/蛋白質複合物樣品?
我們要求至少20 μL樣品,濃度為 20 μM。請提供樣品的緩衝液組分的詳細資訊。在質譜分析之前需要脫鹽,我們可以提供這項服務。相關服務:翻譯後修飾蛋白組分析
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TMT-SRM分析通常針對5-50個候選生物標記物進行。相關服務:基於TMT的蛋白質組學分析
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所有樣本型別,包括細胞/組織裂解物、體液如腦脊液和血漿等,都可以進行TMT-SRM分析。相關服務:基於TMT的蛋白質組學分析
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• SWATH分析的離子庫是如何生成的?其生成方式與Shotgun蛋白質組學或MRM相同嗎?
資料庫實際上是由資料相關採集(DDA)生成的,也可以稱為資訊相關採集(IDA)。這種採集模式與鳥槍蛋白質組學相同,但與MRM模式不同。MRM模式用於分子或肽的靶向定量,在生成離子庫時沒有任何用處。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務
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• 為什麼離子庫不是用SWATH生成的?或者為什麼資料庫不是透過在MS和MS/MS級別對樣本中的每個離子進行測序生成的?
理想情況下應該是這樣,因為理想情況下,儀器的速度足以在0.7Da的小視窗中掃描整個m/z範圍,相當於MRM視窗,這也是可以用四極杆隔離的最小視窗。掃描常規m/z範圍內的蛋白質(從350到1250 m/z)大約代表1285個0.7Da的單獨視窗,在這個視窗中,必須分離和片段化前體離子以記錄其片
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一旦完成資料採集後成,每個離子的MS和MS/MS資訊將對映到理論資料庫中,以識別樣本中存在的肽和蛋白質。這個過程可以透過多種演算法完成,包括Mascot、OMSSA、ProteinPilot等。相關服務:SWATH定量蛋白組學服務
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• SWATH採集透過順序分析視窗來獲取資料,通常這些資料是如何獲取的?
一般情況下,或在IDA模式下,資料是在掃描後獲取的。掃描確定40種最強烈的離子,並且只對這些離子進行碎片處理。這意味著在一個固定的時間點上,只有被碎片化的離子纔是被選中的最強烈的離子。在一個SWATH週期內,所有視窗都是按順序獲取的。例如:假設我們要覆蓋350-1250 m/z的離子範圍。視
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MS資料像其他光譜和色譜資料一樣,通常透過將峰面積(以任意單位)與定量標準品的峰面積進行比較來量化。因此,Y軸只是訊號的強度,通常不顯示其直接實驗讀數單位。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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• 在製備LC-MS/MS樣品過程中,使用還原劑會使氧化蛋氨酸還原嗎?
蛋氨酸氧化與半胱氨酸氧化不同,在沒有專用酶或催化劑的作用下是不可逆的。TCEP和DTT都不能減少蛋氨酸氧化情況。相關服務:蛋白質質譜鑑定
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