SWATH採集透過順序分析視窗來獲取資料，通常這些資料是如何獲取的？

一般情況下，或在IDA模式下，資料是在掃描後獲取的。掃描確定40種最強烈的離子，並且只對這些離子進行碎片處理。這意味著在一個固定的時間點上，只有被碎片化的離子纔是被選中的最強烈的離子。在一個SWATH週期內，所有視窗都是按順序獲取的。例如：假設我們要覆蓋350-1250 m/z的離子範圍。視窗#1的範圍為350-352.4m/z，儀器會將所有適合此視窗的離子（強烈或不強烈）打碎，由此可以獲得350-352.4m/z視窗內所有離子的MS/MS碎片的混合。然後，儀器將從第二個視窗中繼續分離並打碎離子，例如從352.4-356.1m/z，以記錄其MS/MS碎片，依此類推，直到第100個視窗。

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