為什麼離子庫不是用SWATH生成的？或者為什麼資料庫不是透過在MS和MS/MS級別對樣本中的每個離子進行測序生成的？

理想情況下應該是這樣，因為理想情況下，儀器的速度足以在0.7Da的小視窗中掃描整個m/z範圍，相當於MRM視窗，這也是可以用四極杆隔離的最小視窗。掃描常規m/z範圍內的蛋白質（從350到1250 m/z）大約代表1285個0.7Da的單獨視窗，在這個視窗中，必須分離和片段化前體離子以記錄其片段離子。然而，實際應用中並不是這樣。使用最新版本的TripleTOF 6600，可以在1個週期內定義200個更大的m/z視窗。而大多數儀器只能定義100個視窗，為什麼不能用100個較大的視窗生成資料庫，因為每個視窗都有MS和MS/MS資訊。我們從一個SWATH視窗中得到的是該視窗中存在的所有MS離子的MS/MS片段的混合。透過反捲積可以減少MS/MS錯誤，但是並不能完全規避這種錯誤訊號。

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