多組學分析FAQ彙總
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• 做轉錄組是相對定量對不對,能得到組間差異“處理後的比處理前的上調了20%”這種結果描述嗎
轉錄組分析可以是定量的,也可以是相對定量的。在轉錄組研究中,相對定量通常指的是透過比較不同樣品(如處理組與對照組)之間的基因表達水平差異來分析基因的表達變化。 轉錄組研究通常使用兩種主要技術:微陣列(DNA晶片)和高通量測序(如RNA-Seq)。這兩種技術都可以用來進行相對定量分析: 1
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• 做酵母BY4741,庫裡只有酵母S288C,這個可以作為轉錄組測序的參考基因組嘛?
BY4741和S288C都是酵母Saccharomyces cerevisiae的常見實驗菌株。S288C是酵母的參考菌株,它的基因組序列是最先被測定的,並且在很多基因組工具和資料庫中被廣泛使用作為參考。而BY4741是一個從S288C衍生出的haploid菌株,用於多種基因組學研究,包括基
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• 關於轉錄組測序雙端測序的問題,轉錄組測序時,pair end 雙端測序時,用FPKM計算為什麼小於等於RPKM的2倍?
RPKM(Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads)和FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads)都是轉錄組資料分析中用於標
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• 單細胞轉錄組資料的counts,TPM,log-TPM的機率分佈都是怎樣的?
1.Counts(計數): Counts是指在每個基因上觀察到的RNA分子的數量。它是透過對測序資料進行基因定量得到的。 在單細胞轉錄組資料中,counts的機率分佈通常是離散的,因為它是整數值。每個基因的counts值可以從0開始一直到非常高的數字。 在一個細胞中,每個基因的counts
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• 請問轉錄組測序中,三組資料兩兩進行比較應該怎麼繪製熱圖啊??
在轉錄組測序中,如果你有三組資料並想進行兩兩比較,可以參考以下步驟: 1.資料預處理: 首先,對原始的轉錄組測序資料進行質控和過濾,去除低質量的reads和可能的汙染。 然後,使用合適的對齊和拼接工具將測序資料比對到參考基因組上,得到每個基因的表達水平。 最後,對錶達矩陣進行歸一化處理,
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• 請問轉錄組測序,不同物種中的某些特定基因的基因表達量該怎麼計算?
計算不同物種中特定基因的表達水平,可以參考一下方法: 1.質量控制和資料清理: 使用質量控制工具(例如FastQC)對原始測序資料(FASTQ檔案)進行評估,以檢查測序質量,重複內容,接頭汙染等。 基於質量控制報告,用序列清理工具(例如Trimmomatic或cutadapt)去除低質量
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• 轉錄組測序,同一個測序檔案,高度相似的兩個基因的fragment計數是不是應該差不多?已解決,謝謝。?
對於同一個測序檔案中的兩個高度相似的基因,它們的fragment計數可能會有所不同,這取決於多個因素: 1.基因的長度和結構: 基因的長度和結構可能會影響其在轉錄組測序中的fragment計數。較長的基因可能會產生更多的fragments,從而導致其fragment計數較高。此外,基因的結
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在轉錄組測序資料中篩選保護酶基因,可以透過以下步驟實現: 1.基因註釋: 使用基因組或轉錄組註釋資料庫來獲取關於已知保護酶的資訊。這些資料庫包括基因名稱、功能描述等,可以幫助你確定哪些基因編碼保護酶。 2.關鍵詞搜尋: 在轉錄組資料的基因註釋中搜索與“保護酶”、“抗氧化”等相關的關鍵詞或
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普通轉錄組測序的送樣要求主要包括: 1.樣品型別: 總RNA或富集的mRNA。 2.數量和質量: 足夠的RNA量(通常要求至少為1-5 µg)。 高質量的RNA,通常使用RNA完整性數值(RIN)來評估,要求RIN通常在7.0以上。 3.純度: OD260/280比率通常在1.8-2.
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對於新手來說,轉錄組分析可能看起來相當複雜,因為它包括多個步驟和對生物資訊學工具的使用。但是,透過分步驟學習和使用使用者友好的分析平臺,新手也可以開始進行基本的轉錄組分析。在進行實際的研究之前,可以適當利用Coursera、edX和YouTube上的免費資源,瞭解生物資訊學和轉錄組分析的基礎
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