多組學分析FAQ彙總
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• 做完轉錄組測序後，只做了差異基因分析，不做KEGG與GO分析，該如何進行後續？
當做完轉錄組測序後，只進行了差異基因分析而沒有進行KEGG與GO分析，可以考慮以下幾個後續步驟： 1.確定差異基因的生物學意義： 首先，需要對差異基因進行生物學意義的解讀。透過查閱相關文獻和資料庫，瞭解這些差異基因在生物學過程中的功能和調控作用。這可以幫助我們理解差異基因的潛在生物學意義，
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• 請問宏轉錄組的差異表達基因分析和差異表達通路分析如何進行？
進行宏轉錄組的差異表達基因分析和差異表達通路分析時，可以按照以下步驟進行： 1.資料預處理： 對原始測序資料進行質量控制，包括去除低質量的reads和去除接頭序列等。 使用比對工具將清洗後的reads比對到參考基因組或轉錄組上，得到比對結果。 2.差異表達基因分析： 使用比對結果計
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常規樣本（如新鮮凍存的組織或細胞）和石蠟包埋樣本（如福爾馬林固定石蠟包埋，FFPE）的全轉錄組測序確實在資料質量上可能存在差異。這些差異主要是由樣本處理、儲存方法以及RNA的提取和質量等因素造成的。 一、RNA的完整性： 1.常規樣本： 通常來自新鮮或快速凍結的組織，其中的RNA更完整，
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植物樣本在經過冰凍切片處理後理論上仍然可以提取RNA進行轉錄組測序，但確實存在一些額外的挑戰和限制。以下是在這種情況下需要特別注意的關鍵點： 1.RNA降解： 冰凍切片過程可能會對組織造成一定的應激，這可能啟用某些RNases，導致RNA降解。此外，如果切片在切割後未能立即適當儲存（例如，
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在轉錄組測序中，“reads”是一個非常基本的術語，指的是透過測序平臺從DNA或RNA樣本中獲得的短序列片段。 當你對一個樣本（如轉錄組，即所有RNA的集合）進行測序時，現代的測序技術並不是讀取整個單一的長DNA或RNA分子。相反，它們透過一系列複雜的步驟破碎原始的生物分子，並從這些較小的
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• 擴增子測序中16S、18S和ITS的區別及應用範圍是什麼？
16S和18S是指細菌和真核生物的小亞基核糖體RNA基因，它們在細胞中起到編碼蛋白質的功能。ITS是指內轉錄間隔區（Internal Transcribed Spacer），是真菌和其他真核生物的核糖體RNA基因中的非編碼區域。 一、16S、18S和ITS的區別是什麼？ 1.16S和18
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• 若關注環境中的真核微生物多樣性，18S測序和ITS測序哪個更好？
在選擇18S測序還是ITS測序時，需要考慮以下因素： 如果研究目標是對廣泛的真核微生物群進行較高階元的多樣性和豐度評估，18S rRNA基因測序可能更適合。 如果目標是詳細研究特定群體（如真菌）在物種或株級別的多樣性和鑑定，那麼ITS測序可能更有優勢。 百泰派克生物科技--生物製品表徵
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ITS是真菌基因組中的一個高變區域，位於真核生物的核糖體基因組中的18S-5.8S-28S rRNA基因間區域。ITS序列通常包括ITS1和ITS2兩個子區域，它們之間由5.8S rRNA序列連線。 18S rRNA是真菌核糖體基因組中的一個保守區域，它在真核生物中廣泛存在，用於構建系統發
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• 土壤微生物群落怎樣看菌群差異（比如說某種菌群消失或者新增）用哪種方法看，比較？
研究土壤微生物群落的差異可以採用多種方法，包括高通量測序技術、生物晶片技術、實時熒光定量PCR、培養和鑑定以及功能基因組學等。 如果您的目標是全面瞭解土壤微生物群落的變化，包括菌群的消失或新增，並且您希望獲取儘可能多的資訊，我建議使用“宏基因組測序（Metagenomics）”。因為宏基因
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擴增子測序是用於研究微生物群落的組成和多樣性的一種常用方法，它透過擴增和測序特定的基因片段（如16S rRNA基因或ITS區域），來鑑定和分類微生物。 擴增子測序的鑑定和分類依賴於已有的資料庫，其中包含了大量已知的微生物序列資訊。如果目標真菌或不常見菌的序列在資料庫中不存在或非常罕見，那麼
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