請問轉錄組測序，不同物種中的某些特定基因的基因表達量該怎麼計算？
- 使用質量控制工具（例如FastQC）對原始測序資料（FASTQ檔案）進行評估，以檢查測序質量，重複內容，接頭汙染等。
- 基於質量控制報告，用序列清理工具（例如Trimmomatic或cutadapt）去除低質量序列，接頭等。
- 選擇一個合適的參考基因組和/或轉錄組，並下載相應的序列和註釋檔案。對於不同物種，你需要各自物種的參考序列。
- 使用比對工具（例如HISAT2、STAR或Bowtie2）將清理後的讀段（reads）比對到參考基因組上。這一步會產生SAM或BAM格式的檔案，其中包含了讀段與參考基因組的比對資訊。
- 使用特定於轉錄組的工具（如HTSeq或featureCounts）從比對檔案中提取基因表達計數資料。這些工具會根據讀段比對到參考基因組的哪些基因來計算每個基因的讀段計數（即每個基因的覆蓋讀段數）。
計算不同物種中特定基因的表達水平，可以參考一下方法：
1.質量控制和資料清理:
2.讀段比對:
3.計數:
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