單細胞分析FAQ彙總
-
• 如果兩個單細胞測序樣本是並行處理的，那麼在整合資料集時是否仍應使用批處理效果校正？
當我們談論批次效應時，通常指的是在不同技術或不同平臺上處理樣品時產生的樣品之間的技術差異。如果實驗設計很好，這也是可以預防的。例如，組合兩個樣本並並行處理它們，這實際上是防止批次效應的好方法。在整合兩個資料集時，如果兩個樣本之間的排序深度存在差異，則可能需要規範化它們。這種規範化是在Cell
-
批次RNA測序和單細胞RNA測序之間的主要區別在於，每個測序文庫代表單個細胞，而不是細胞群體。因此，沒有辦法在單細胞水平上進行“生物複製”：每個細胞都是獨一無二的，不可能複製。相關服務:單細胞測序
-
單細胞測序技術可以將細胞一一分開，觀察細胞與細胞之間的異質性和相似點，在細胞層面和細胞類群層面進行多維度的解析。相關服務:單細胞測序
-
不同物種、組織由於研究的目的不同對細胞類別的需求也是不同的，一般製備好的單細胞懸液或血液、組織均可，細胞活性不低於80%，細胞濃度介於5*10^5-1.2*10^6/ml之間最好，細胞總數最好大於10^5個。另外，細胞培養基及緩衝液中不能含金屬鈣離子和鎂離子。相關服務:單細胞測序
-
有影響，這種影響也是不可避免的，目前常用的方法中都多多少少對細胞有些影響。酶消化會使細胞產生應激反應，機械操作則容易損傷細胞，進而影響細胞活性。相關服務:單細胞測序
-
可以從以下幾個方面進行判斷：1、捕獲到的細胞數量：捕獲到的細胞數量越多，證據越充分；2、細胞中的平均reads數：一般大於3萬是比較好的資料；3、細胞中的中位基因值：該值的大小與不同的組織樣本有關，如癌細胞中可能數值較高；4、測序的飽和度：一般大於50%即可；5、測序得到的reads比對到高
-
細胞型別的判斷可以參考同類物種或樣本的已發表文章，或者根據資料庫如CellMarker、panglao等去確定Marker基因。相關服務:單細胞測序
-
單細胞測序研究最熱的是對轉錄組進行測序研究。當然，還可實現的檢測有染色質可接近性檢測（ATAC-seq）、CNV檢測、免疫組庫測序和表面蛋白檢測等。相關服務:單細胞測序
-
1、活細胞率越高越好，至少達到90%；2、保證細胞數量在10^5左右；3、細胞直徑在幾十微米以內，最好40um以下；4、植物細胞需要去除細胞壁，製備原生質體。相關服務:單細胞測序
-
可以的，因為由於實驗樣本的特殊性，並不是所有的細胞都能滿足現有測序要求，比如神經細胞等。不滿足測序條件的單細胞可以透過細胞核提取，進行核轉錄組檢測。相關服務:單細胞測序
How to order?
