如果兩個單細胞測序樣本是並行處理的，那麼在整合資料集時是否仍應使用批處理效果校正？

當我們談論批次效應時，通常指的是在不同技術或不同平臺上處理樣品時產生的樣品之間的技術差異。如果實驗設計很好，這也是可以預防的。例如，組合兩個樣本並並行處理它們，這實際上是防止批次效應的好方法。在整合兩個資料集時，如果兩個樣本之間的排序深度存在差異，則可能需要規範化它們。這種規範化是在Cell Ranger中的aggr管道中自動執行的，因此不必擔心批次效應。

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