單細胞分析FAQ彙總
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10x的UMI是隨機序列序列,V2試劑10bp,V3試劑12bp,因此存在4^10或4^12種可能性。以物種人為例,其參考基因組注射已經非常完善,總基因數不足4萬,所以10x UMI的種類足以覆蓋細胞中全部mRNA。相關服務:單細胞測序
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理論上是可以的,但需要注意aggr不能矯正不同試劑帶來的影響。對單細胞RNA-seq資料中的系統效應或批次效應進行歸一化和校正是目前比較活躍的研究領域,目前10x 還沒有一個具體的建議。從文獻中可以看出,R中有許多包,比如Seurat、scran和scone,試圖解決這些問題。相關服務:單細
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推薦使用手肘法(SSE)與輪廓係數法(Silhouette Coefficient)結合,判斷最優K值。相關服務:單細胞測序
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不需要。10x 也不建議如此相關服務:單細胞測序
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• 細胞數目不足10^6是否可以做10X 單細胞轉錄組測序?
可以做,只是有風險,如果細胞數過低,很有可能會存在計數不準確的情況相關服務:單細胞測序
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細胞活性過低時,細胞內的RNA可能會發生降解,從而得到的資料無法準確反映每個細胞樣品內轉錄本的表達情況,影響基因檢出。相關服務:單細胞測序
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一般視情況而定,如果線粒體基因比例高,可以進行線粒體基因過濾。相關服務:單細胞測序
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1、質譜流式平臺檢測的通道較多,且各通道間互不干擾,無需計算補償;2、質譜流式平臺採用金屬標記策略,背景訊號極低;3、處理資料的方式多樣,可以對樣品進行深入分析。相關服務:單細胞質譜流式技術分析
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單細胞質譜流式技術所需樣本為單細胞懸液,不同的組織細胞製備的方法有所不同,一般流程為細胞分離、染色、刺激、固定和儲存。相關服務:單細胞質譜流式技術分析
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• 10x Genomics單細胞測序可以測哪些型別的RNA?
含有polyA尾巴的mRNA都可以利用10x Genomics測序平臺進行測序,包括真核生物的mRNA、lncRNA以及有polyA的部分病毒的RNA。相關服務:單細胞測序
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