單細胞分析FAQ彙總

• • 影響捕獲細胞數目的因素有哪些？

  主要影響細胞捕獲數目多少的是樣本處理成單細胞懸液的過程——細胞濃度與活性。樣本物種型別及組織特點多樣，如骨組織，灌洗液，成熟心肌組織或植物原生質體等，需要較為特殊的處理方式，以保障細胞活性；外周血單核細胞分離時需要注意避免其他細胞的汙染等。相關服務:單細胞測序

• • 擬時分析有什麼要求？

  擬時分析預設使用Monocle2軟體，單樣本與多樣本均可進行擬時分析，需要客戶提供在哪個/些樣本上，哪種“分組”（可以是分群方式，樣本，時間段，組間等）的基礎上進行擬時分析。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞轉錄組3'實驗與5'實驗的區別有哪些？

  兩者方法相似，只是10X文庫捕獲 polyadenylated 尾的轉錄本時不同，3’試驗 polydT 引物位於 gel bead oligo（凝膠珠寡頭上）而 5’試驗 polydT 供給是在 RT 引物裡。相關服務:單細胞測序

• • TSO(template switch oligo)是什麼？

  TSO是一種寡核苷酸，在逆轉錄過程中，它與逆轉錄酶新增的未模板化的C核苷酸雜交。TSO為全長cDNA新增了一個通用的5'序列，用於下游cDNA擴增。相關服務:單細胞測序

• • V2與V3試劑有什麼區別？

  1、在UMI序列於barcode庫方面：V2試劑的UMI序列為10bp，barcode庫約75萬；V3試劑的UMI序列為12bp，barode庫 約360萬；2、在檢測基因數量上：V3試劑基因檢出有所增多，但成本更高，建庫價格更高。相關服務:單細胞測序

• • V2與V3兩種試劑結果可以整合分析嗎？

  兩種試劑結果可以進行 Cell Ranger 的 aggr 整合，也可以用 Seurat 軟體整合。相關服務:單細胞測序

• • 如何計算上機細胞數目？

  以10X Genomics為例，根據細胞濃度（cell/ml）、cell/NF水資訊計算細胞數目。上機細胞數目=（細胞濃度×cell)/103個。相關服務:單細胞測序

• • QC報告中，為什麼read2的GC distribution over all sequences出現雙峰？是否會影響分析結果？

  有可能是純化過程不夠純，導致測序接頭汙染；也有可能是文庫自身特點。若是測序接頭汙染導致的，在Cell Ranger分析中STAR比對時，接頭序列會被排除在外，不會對細胞聚類分型結果有任何影響。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞測序的原始資料以什麼格式輸出？

  測序下機得到的原始資料（Sequenced Reads，測序讀段）通常是壓縮的fastq格式。相關服務:單細胞測序

• • 單細胞轉錄組測序中PE150（2*150）表示什麼意思？

  PE150（2*150），即雙端測序，每條read長150bp。測序資料量=150bp×2端×read數。雙端測序，一個RNA片段（即fragment，也叫read）會測出來2條序列。相關服務:單細胞測序