單細胞分析FAQ彙總
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• 10x Genomics單細胞測序平臺和smart-seq測序平臺有什麼區別?
在通量上,10x Genomics平臺是一個樣本建一個庫,smart-seq是一個細胞建一個文庫;其次,Smart-seq是一個全長轉錄組的測序,10x Genomics平臺針對3’端或5’端的150bp的測序。相關服務:單細胞測序
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• 10x Genomics單細胞測序資料可以和smart-seq一起分析嗎?
可以的。不過資料需要標準化。相關服務:單細胞測序
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可以分析case組是否存在特殊類群細胞、case組和control組有多少特定細胞類群以及case和control組的差異表達基因等。相關服務:單細胞測序
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tsne和umap降維獲得的細胞對於cluster結果是一樣的,所以兩者均可選擇。在進行視覺化分析時,umap採用的演算法是達到區域性最優,tsne達到的是整體最優。相關服務:單細胞測序
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• 降維進行細胞聚類分析時,有些主成分並不是按照遞減的規律存在的,該怎麼辦?
這種情況可以進行維度選擇來進行聚類降維。相關服務:單細胞測序
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單個樣本進行聚類分析主要看每個cluster的差異基因表達量熱圖,好的解析度一般表現爲每個cluster中其條線出來的差異基因在該cluster中表達量高,而在其他cluster中表達量低。於有多個樣本的情況,除了看差異基因聚類熱圖外,還要關注樣本之間的差異。相關服務:單細胞測序
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批次效應是由測序時間、儀器不同或者加測的情況所形成的不同的資料批次。相關服務:單細胞測序
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可以利用軟體演算法去除多組資料中的批次效應,如Seurat包的CCA(canonical correlation analysis)、LIGER的NMF(non-negative matrix factorization)、Scran包的mnnCorrect和Seurat包的sctransf
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單細胞全基因組重測序、單細胞外顯子測序、單細胞轉錄組測序、單細胞LncRNA測序。相關服務:單細胞測序
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常用的有MALBAC單細胞擴增技術和多重置換單細胞擴增技術(MDA)等。相關服務:單細胞測序
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