蛋白分析FAQ彙總

• • 能鑑定出蛋白質上的所有翻譯後修飾 (PTMs) 嗎？分析需要多少材料？

  無法對一種蛋白質的所有 PTMs 進行表徵，因為它們的丰度通常很低，並且需要 PTM 特定的富集流程。此外，在資料中搜索一組不受限制的 PTM 會導致大量的假陽性鑑定。PTMs，如磷酸化、（二）甲基化、泛素化、乙醯化，如果是先前富集的樣品（例如下拉），可以在沒有 PTM 富集的情況下鑑定。對

• • 可以提交哪些樣品來鑑定二硫鍵？

  只有純化的或低複雜度的蛋白質樣品纔能有效地進行二硫鍵分析。可能需要用多種酶進行消化。推薦量：10 µg（最小推薦量：1-2 µg）。 相關服務:蛋白二硫鍵鑑定和定量分析

• • 公司將提供什麼作為二硫鍵分析的結果？

  根據樣本的複雜性，將透過 MALDI（Triplet Signature Pattern 的鑑定) 或 LC-MS (使用軟體Byonics (Protein Metrics)) 進行分析。報告將包括 pdf 結果檔案，它描述了連線的二硫肽的 MS 和 MS/MS 資料，以及 Byonics

• • 能鑑定 N 端和/或 C 端蛋白質序列嗎？

  N端和C端蛋白質的鑑定取決於它們的蛋白質物理化學性質。透過 MALDI-ISD（源內片段化）對完整蛋白質的簡單分析對於純化的蛋白質可能是成功的。對於 N 端分析，實施基於 N 端標記的替代方法（例如二甲基標記）。對於N 端的大規模鑑定（例如蛋白酶底物的鑑定），我們提供TAILS方法。相關服務

• • 你們提供哪種型別的蛋白質定量？

  根據您的生物學問題，我們可以為您提供以下支援：大規模（蛋白質組範圍）相對蛋白質定量；靶向蛋白質分析（分析多個樣品中的幾個蛋白質目標）。相關服務:定量蛋白組分析

• • 如何進行大規模蛋白質組量化？

  我們可以為您提供所有最常見的蛋白質定量方法：無標籤量化（label-free quantification，又名“LFQ”，基於 MS1）；TMT 標記：適用於小型資料集（最多 16 個樣本），當與蛋白質分離結合使用時，它可以實現更深的蛋白質覆蓋。DIA （Data Independent

• • 為什麼在進行任何量化實驗之前，總是要求進行初步 QC 測試？

  使用 4 個生物重複進行初步 QC 測試將為我們提供以下資訊：方案的適用性（可行性、可重複性）；期待什麼（例如蛋白質的數量，...）；如何最好地設計您的實驗（例如重複次數）。相關服務:定量蛋白組分析

• • 相對定量實驗需要多少個重複？

  我們通常在第一次 QC 實驗期間估計樣本量。如果這是不可能的，我們建議每個條件至少使用 4 個重複。根據實驗設計和生物學問題，這個數字可能會發生巨大變化。相關服務:定量蛋白組分析

• • 應該如何準備樣品以進行無標記定量分析 (LFQ)？

  請在計劃任何型別的 LFQ 實驗之前聯絡我們。理想的起始材料是 25 - 50 ug 濃度為 0.2 - 1 ug/ul 的蛋白質，但我們可以使用 1 - 2 ug 和更低的濃度。緩衝液不應含有去汙劑。相關服務:基於Label Free的定量蛋白組分析

• • 哪種染色方法比較好？

  考馬斯亮藍染色是首選。銀染也可以，但鑑定成功率稍低，使用串聯質譜法鑑定銀染蛋白可以大大提高鑑定成功率。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定