蛋白分析FAQ彙總

• • 你們能鑑定出帶有翻譯後修飾 (PTM) 的特定氨基酸嗎？

  可以，使用質譜可以在給定的肽序列中確定 PTM 的確切氨基酸位置。然而，這取決於光譜的質量、給定磷酸肽的檢測碎片離子（無論它們是否是位點決定的）以及 PTM 型別（如果 PTM 位點確定成功且可靠）。在典型的磷酸蛋白質組學分析中，通常約 60% 的已鑑定 S、T 和 Y 磷酸化位點可以高置信

• • 你們可以透過穩定同位素標記來量化蛋白質嗎？

  可以，我們可以分析含有重同位素的樣品，例如透過 TMT 標記、二甲基標記、15N 標記、SILAC 標記或透過重肽或重蛋白摻入的樣品。相關服務:定量蛋白組分析

• • 可以使用內部考馬斯藍染色劑嗎？有首選流程嗎？

  您可以使用自制染料。但請注意，乙酸和甲醇的存在會修飾蛋白質。我們建議使用市售的考馬斯藍染色劑，因為它們不含溶劑並且比傳統染色劑更敏感。我們沒有任何首選的商業供應商。相關服務:蛋白膠點、膠條、IP樣品蛋白質鑑定

• • 你們用什麼搜索引擎？

  我們使用 Mascot (Matrix Science) 進行蛋白質鑑定。蛋白質推斷、分組和 FDR（false discovery rate）估計在 Proteome Discoverer 和 Scaffold 中進行。相關服務:蛋白鑑定

• • 什麼資料庫用於搜尋？資料庫是否定期更新？

  我們的預設資料庫是 UniProt。作為常規策略，對於註釋不佳的蛋白質組，我們同時搜尋 Uniprot 的部分，即 SwissProt（策劃）和 Trembl（非策劃）。在兩次搜尋之後，每個 ID 由至少一個唯一肽支援的非冗餘蛋白質列表被提交給使用者。這兩個資料庫每個月都會更新。相關服務:蛋

• • 什麼是錯誤發現率 (FDR) ？

  FDR 的報告已成為強制性的。FDR 本質上是一種統計和計算方法，用於確定給定資料集中蛋白質鑑定的確定性。有幾種方法，我們通常使用誘餌資料庫來測量錯誤發現率。相關服務:蛋白分析

• • 我想用 ESI 分析蛋白質，需要多少濃度？

  當然這取決於蛋白質的性質和其他因素。告訴你一個很好的範圍：微摩爾到小於毫摩爾的溶液是合理的。相關服務:蛋白分析

• • 什麼是質譜儀？

  質譜儀是一種精密的測量儀器。當然，它比普通的實驗室秤精確得多，但它的目的是一樣的。當您用質譜儀分析某物時，您最終會得到一份質量列表，以及它們的數量指示。在現代質譜儀中，一個分子將依次遇到3個主要組成部分:離子源、質量分析器和檢測器。離子源有幾種型別，是分子被電離（或獲得電荷）的地方。質量分析

• • 什麼是串聯質譜？

  術語“串聯質譜”或 MS/MS ，是指質譜中的一種技術，它研究感興趣的分子的片段而不是分子本身。在進行 MS/MS 實驗時，我們使用質譜儀中的能量來分解我們想要研究的分子。其結果是得到許多更小的分子片段，我們可以用它們量化或鑑定母分子。相關服務:蛋白質質譜鑑定

• • 質譜是如何使用的？

  簡明扼要地回答這個問題有點棘手，因為有很多不同的質譜分析方法。您會看到，不同的質譜技術需要不同的樣品製備方案和注意事項。此外，即使我們堅持使用一種質譜技術，如 LC-MS/MS，也有幾種方法可以檢視您的樣品。例如，如果您只想檢視少數分子並獲得非常精確的量化，您將必須從包含它們的基質中提取您感